Od straszliwej katastrofy, zwanej Drugim Uderzeniem (Second Impact), w której śmierć poniosła połowa ludzkości, minęło 15 lat. Na Ziemi pojawiają się tajemnicze, niszczycielskie byty, nazywane Aniołami. Ich celem jest Tokio­‑3, a dokładniej – „coś” ukrytego w kwaterze głównej organizacji NERV. Wrażliwy i niepogodzony ze sobą piętnastoletni Shinji Ikari przybywa do Tokio­‑3, wezwany przez swego ojca, szefa NERVu. Jednak nie chodzi tu o rodzinne spotkanie – Shinji spełnia warunki umożliwiające mu pilotowanie Evangeliona – ogromnego, biomechanicznego robota. Evangeliony są jedyną nadzieją na skuteczną walkę z Aniołami, same jednak mogą stanowić śmiertelne niebezpieczeństwo, wymykając się spod kontroli swych twórców… Shinji początkowo odmawia, szybko jednak okoliczności zmuszają go, by zasiadł za sterami Evangeliona.

Zdesperowany ojciec, któremu towarzyszy nieustępliwy policjant, walczy z własnymi demonami, poszukując dziewięcioletniego syna na ulicach Nowego Jorku lat 80. XX wieku.