Après avoir été accidentellement exposé a un produit mutagène, quatre tortues sont recueillies par un rat nommé Splinter qui les élève comme ses propres enfants et leur apprend l’usage des arts martiaux. Le jour de leur 15ème anniversaire, les Tortues Ninja sont autorisés à sortir pour la 1re fois des égouts où elles ont été élevées et peuvent enfin visiter les rues de New York ! Mais la grosse pomme réserve quelques surprises à nos quatre intrépides, les ennuis ne font que commencer !

Un jeune lapin rêvant d'être un vrai samouraï s'allie à d'autres amis guerriers pour protéger leur ville des monstres yokai, des ninjas et des aliens diaboliques.

L'histoire prend place après une guerre abominable, qui fit découvrir à cette contrée un terrible pouvoir, le "contrat du diable".

Cecily Campbell, fille d'un aristocrate, poursuit la tradition de sa famille en devenant un Chevalier.

Mais, lors d'un combat contre un ancien chevalier devenu fou, son épée se brise, elle est alors sauvé par Luke Ainsworth, un mystérieux forgeron, qui possède en réalité le pouvoir du contrat du diable, un pouvoir qui est devenu tabou en cette période de paix.

Cecily se rendra bientôt compte que ce mystérieux jeune guerrier s'avère être le forgeron qu'elle recherche, celui capable de restaurer son épée.

A l'époque Edo, les samurais étaient respectés de tous, mais la venue des Amanto (aliens) ont entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki décide de vivre à sa manière en devenant un freelancer (personne qui accepte des petit boulots pour rendre service). Accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, il vivent et se battent en tant que hors-la-loi.