צבי הנינג'ה הם לאונרדו, רפאל, דונטלו ומיכלאנג'לו, שאומנו באמנות הלחימה נינג'יטסו בידי הסנסיי ספלינטר. ממקום מושבם בתעלות הביוב של מנהטן, ניו יורק, ארבעת הצבים נלחמים בפושעים, מגלומנים מרושעים ופולשים חוצנים, ובכל אותה עת נותרים חבויים ומבודדים מפני העולם החיצון.
ארנב מתבגר שמשתוקק להפוך לסמוראי אמיתי חובר לחברים לוחמים חדשים, ויחד הם מגינים על עירם מפני מפלצות יוקאי, נינג'ות וחייזרים מרושעים.
פעם, הייתה מלחמה טרגית, שבה הכוח של השדים והשטן היו מעורבים.לאחר המלחמה כוחם של השדים נאסר והעולם חזר לשלוותו. ססילי קאמבל היא אבירה אשר מחפשת נפח שיתקן לה את חרבה הישנה שניתנה לה על-ידי אביה.יום אחד היא ראתה איש עם חרב מוזרה שנלחם בבריון. האיש התגלה כנפח בשם לוק. המפגש הגורלי איתו היה תחילתה של הרפתקה.
בעולם בדיוני, יפן נכבשה על ידי מין חייזרים בשם אמאנטו. עידן הסמוראים נפל, והעולם הפך להיות טכנולוגי, מושחת ובעיקר מוזר. אותם סמוראים נמצאים תחת איסור שימוש בחרבות, ותחת השפלה ובושה. הסיפור עוקב אחרי סאקאטה גינטוקי, סמוראי לשעבר עם עבר מסתורי ואפל. גינטוקי וחבריו (או יותר נכון לומר- עובדיו) שימורה שינפאצ'י וקאגורה עובדים בעבודות מוזרות ומשונות ברחבי יפן כדי להשיג את הכסף אליו הם כל כך משתוקקים. תהיו בטוחים שהם יכנסו להמון צרות ושטויות, והרוב יהיה באשמתם...