Leo, Raph, Mikey e Donnie sono delle tartarughe mutanti, alle quali il Maestro Splinter, un ratto sensei, ha insegnato l'arte del ninjutsu. Una volta emerse dalla loro tana nelle fognature, i rettili scoprono il sorprendente mondo della città di NY.

Un giovane coniglio che sogna di diventare un vero samurai protegge la sua città da mostri Yokai, ninja e alieni malvagi con l'aiuto dei suoi nuovi amici guerrieri.

Cecily Campbell è una giovane ragazza appena divenuta cavaliere della guardia cittadina per seguire le orme del padre. Un giorno, mentre è di pattuglia in città, si trova ad affrontare un soldato derelitto ma armato di ascia e completamente uscito di senno. Pur affrontandolo con coraggio, Cecily sta per soccombere sotto i colpi dell'avversario, viene salvata da un giovane che, brandendo una katana, taglia di netto lo spadone del nemico. Cecily scoprirà poi che il ragazzo si chiama Luke Ainsworth e che è anche uno dei pochi artigiani rimasti in grado di forgiare le spade più potenti secondo le tecniche antiche. Cecily deciderà ben presto di cercarlo per convincerlo a farsi forgiare una nuova spada con cui proteggere il proprio villaggio. In circolazione però si trovano anche altre armi assai potenti, che possiedono un proprio spirito e possono mutare forma in quella di un essere umano. E proprio una di queste armi magiche, Aria, finirà per legarsi a Cecily...

La storia ha luogo nel Giappone del periodo Edo dopo che gli Amanto, un insieme di razze aliene provenienti da diversi pianeti, hanno invaso la terra proibendo l'uso della spada e causando così la progressiva caduta dell'epoca dei samurai. Una delle poche persone che possiedono ancora l'anima e la forza dei samurai è Gintoki Sakata, il capo di un agenzia tuttofare composta anche da Shinpachi Shimura e una ragazza aliena di nome Kagura.

La serie è composta prevalentemente da episodi autoconclusivi, alcuni dei quali contenenti anche parodie di personaggi e situazioni di altri manga o anime.