La 3 ani după ce Naruto a plecat cu Jiraya să se antreneze, el se întoarce în Konoha, pentru a se reuni cu Sakura și Kakashi, membri ai Echipei 7, din care face parte și Naruto. Pe parcursul seriei, Echipei 7 i s-au mai alăturat doi membri, Sai, un băiat ce provine dintr-o organizație obscură a satului, și Yamato, singurul ninja ce poate folosi abilitățile unice ale Primului Hokage.

Ei încearcă să îl aducă înapoi în sat pe Sasuke Uchiha, care a plecat la sfârșitul primei serii pentru a se alătura lui Orochimaru, un ninja criminal ce îi promisese mai multă putere. De asemenea protagoniștii se vor confrunta și cu Akatsuki, o bandă de ninja răufăcători ce vor să captureze toate bestiile mistice, Bijuu, din interiorul gazdelelor lor numite Jinchūriki, printre care se află și Naruto ce posedă Vulpea cu Nouă Cozi, cea mai temută dintre creaturi.