Après un hold‐up manqué, des cambrioleurs de haut vol font leurs comptes dans une confrontation violente, pour découvrir lequel d’entre eux les a trahis.

Homura Akemi sauve de justesse Madoka Kaname, Kyôko Sakura et Sayaka Miki des mains d'une puissante sorcière. Les jeunes filles découvrent alors que Sayaka est désormais une sorcière, et qu'il est impossible de la sauver.

Kyôko décide d'aller la combattre pour tenter de la faire revenir à la raison.

De son côté, Homura prépare son plan qui consiste à combattre la nuit des Walpurgis, une très puissante sorcière et à protéger coûte que coûte Madoka de son destin

Madoka Kaname, une collégienne ordinaire, ainsi que sa meilleure amie Sayaka Miki, se voient offrir la chance de pouvoir réaliser tous les voeux qu'elles souhaitent par le mystérieux Kyubey, ainsi que de devenir Magical Girls et d'affronter les sorcières. Toutefois, leur camarade Magical Girl Homura Akemi semble déterminée à empêcher Madoka de devenir une Magical Girl à tout prix. Puella Magi Madoka Magica le Film Partie 1: Au Commencement est une redite de la première moitié de la série animée.