Kinomoto Sakura é designada a Caçadora de Cartas pelo Guardião do Selo, Kerberos, quando ela acidentalmente abre o livro mágico das Cartas Clow e as espalha aos quatro ventos. Para proteger o mundo de um desastre, ela deve capturar todas as Cartas Clow com a ajuda de sua amiga, Tomoyo, e Kerberos.
No futuro, foram criados os "Persocoms", humanoides inteligentes que se parecem com seres humanos. Hideki Motosuwa deseja comprar um, mas não tem dinheiro para isso. Um dia, ele encontra uma Persocom, que aparentemente foi jogada fora, e decide ficar com ela. Ao ligar a Persocom, tudo o que ela diz é "Chi" então ele decide que esse será o seu nome. Após um tempo, Hideki começa a perceber que Chi não é um Persocom qualquer. Ela aparenta ser um "Chobit", um tipo avançado de Persocom que tem pensamento próprio, ou seja, consciência.
Durante uma excursão escolar à torre de Tóquio, três estudantes: Hikaru Shidou, Umi Ryuzaki e Fuu Hououji são convocadas pela Princesa Esmeralde para salvarem Zephir. Ao chegarem lá são recebidas pelo Guru Clef. Clef conta tudo sobre aquele mundo mágico, e que Princesa Emeralde havia sido raptada pelo sumo-sacerdote Zagard. As três garotas, foram convocadas para se tornarem Guerreiras Mágicas de Zephir. Para conseguir isso, Clef deu a cada uma delas uma armadura que evolui conforme seu desempenho e poderes diferentes: Hikaru-Fogo, Umi-Água e Fuu-Vento. Para se tornarem Guerreiras Mágicas, elas precisavam de encontrar Priscila, a ferreira de Cephiro. Priscila fez para cada uma delas espadas feitas de um mineral lendário chamado Escudo, o único mineral que faz espadas que evoluem e logo após faze-las é morta por um monstro de Askot. Depois de receberem as espadas feitas por Priscila, Hikaru, Umi e Fuu foram atrás de seus respectivos Espíritos, Rayearth, Selece e Windam, com a ajuda de Mokona, que indicava-lhes o caminho. Na procura dos Espíritos enfrentaram muitos inimigos como Askot: um pequeno feiticeiro, mas com grandes poderes, Caldina: uma incrível dançarina ilusionista louca por dinheiro e Rafaga: o capitão da guarda que protegia a Princesa Esmeralde, mas que foi hipnotizado por Zagard.
Watanuki Kimihiro, é um jovem estudante que tem o dom de ver e atrair fantasmas e espíritos. Um dia, ao ser atacado por uma ayakashi, acaba entrando em uma loja. A dona do lugar é Ichihara Yuuko, uma mulher que diz que o fato dele ter entrado lá não foi coincidência. Aquela é uma loja onde se realiza desejos, e ele tinha um. Porém para que seja concedido, é necessário pagar um preço equivalente. Watanuki então, deseja não ver mais os espíritos, e para poder pagar o preço, "aceita" a oferta de Yuuko para trabalhar em sua loja. A partir desse momento, sua vida muda completamente, pois Watanuki passa a se envolver nas histórias misteriosas dos clientes de Yuuko, e com ela aprende não só sobre as situações mágicas que o cercam, mas também sobre si mesmo.
No Japão atual, existe uma cidade-escola chamada Academia CLAMP. Esta instituição de ensino abriga dez mil pessoas, dentre elas funcionários e alunos. A única regra para a aceitação de novos alunos é que este tenha alguma habilidade específica, pois cada aluno da Academia CLAMP é brilhante em algum aspecto. Dentre tais alunos, três recebem destaque pelo seu brilhantismo: Kaichou (líder do grupo, Presidente do Conselho Estudantil e filho do fundador da Academia), Suoh (herdeiro do influente Clã Takamura, um grupo renomado, descendente de ninjas, sendo que, normalmente, os membros deste Clã são eficientes “guarda costas” muito requisitados por famílias poderosas e políticos) e Akira (um rapazinho fofo, de personalidade brincalhona, sorridente, alegre e amigável; totalmente abobado e alheio às dificuldades, ele é um excelente cozinheiro e um amigo ímpar nas horas de adversidades). O enredo se baseia na formação da Academia de Detetives CLAMP, composto pelos três, onde a missão principal é basicamente levar conforto aos corações das damas aflitas.
No futuro, a tecnologia alcançou um patamar elevadíssimo, e a indústria de brinquedos aproveitou-se disso para criar a maior febre mundial até então lançada, o Angelic Layer. O jogo é o mais popular brinquedo da atualidade, arrebatando milhares de fãs e usuários. Nele, bonecos desenvolvidos com tecnologias extremamente avançadas, os Angels, são controlados por seus operadores, denominados Deuses, em um campo especial que permite sua movimentação, o Angelic Layer. Movendo seus anjos com os pensamentos, os Deuses travam acirradas batalhas, algumas apenas por diversão, outras em torneios oficiais que reúnem os combatentes no topo do ranking. Tais torneios são verdadeiros eventos, com ampla cobertura da mídia, e os grandes competidores chegam a ser mais famosos que muitos artistas. O mangá conta a história de uma garotinha chamada Misaki Suzuhara, que morava no interior do Japão quando foi deixada pela mãe, que se mudou para Tóquio com o pretexto de ir trabalhar, deixando a filha com os avós. Misaki cresce e vai estudar em Tóquio, lá ela encontra o jogo que vai mudar a sua vida. Misaki fica sob a influência do misterioso Icchan e resolve montar sua própria boneca para tornar-se uma controladora, ou Deusa, e assim nasce Hikaru, seu anjo.
Watanuki Kimihiro, é um jovem rapaz com um dom amaldiçoado, ele tem a habilidade de ver e atrair espíritos malignos. Um dia, ele conhece uma misteriosa mulher chamada Yuuko, que afirma ter os meios para acabar com seu tormento, mas ela não trabalha de graça e o preço para ter seu desejo atendido é muito alto.