Le monde est protégé par les Gemmes de cristal, trois extraterrestres humanoïdes nommés Grenat, Améthyste et Perle. Steven Universe est un humain de Plage-Ville qui a hérité de la gemme de sa mère Rose Quartz, l'ancienne leader des Gemmes de cristal. Celle-ci a sacrifié sa forme physique pour lui donner naissance. Tout au long de la série, Steven essaie d'apprendre à maîtriser ses pouvoirs tout en vivant plein d'aventures aux côtés des Gemmes ou en passant du bon temps avec les autres habitants de Plage-Ville.
La déesse Rista invoque un jour un nouveau héros pour l'aider à affronter le mode "difficile" de son monde, semblable à un jeu vidéo. Le héros en question, Seiya, excelle dans tous les domaines, mais il a un défaut : il est beaucoup trop prudent ! Ritsa va ainsi devoir faire avec un compagnon qui, par exemple, achète trois armures (une à porter, une de rechange et une de rechange pour celle de rechange)… ou encore qui met toute sa puissance et ses meilleures attaques pour tuer de bêtes petits slimes !