I prologen får vi se en ung Indiana Jones i ett av hans första äventyr. Det spännande filmeposet fortsätter, och den vuxne Indy ger sig av på ett farofyllt sökande efter sin far, den vresige doktor Henry Jones. Nazisterna är ute efter den heliga graalen och har kidnappat Indys far som är världens främste expert i ämnet. Följ Indy bland råttorna i Venedigs katakomber, i en hisnande luftstrid med nazistiska flygaräss och när han trotsar en framrusande skjutande stridsvagn. Graalen har makt att både ta och ge liv, och Indy och hans far kämpar mot klockan.

Humble stamp dealer Otto Becker has little to do with international politics, so when he receives a surprise visit from his estranged twin brother and Nazi spy, Baron Hugo von Detner, his world is thrown into turmoil. Threatening Becker with deportation, Hugo forces him to use his shop as a front for espionage.