Tomoya Aki é um garoto do ensino médio que trabalha meio período apenas para comprar suas coisas de otaku. Certo dia, sua vida se esbarra com a de Megumi Kato, a garota mais linda que ele já viu. Mas é claro que o reencontro entre eles foi em meio a uma torrente complicada de relacionamentos.

Satou Tatsuhiro é um cara na faixa de idade dos 21 anos, é um "Neet" (Not in Employment, Education or Training - pessoa que não trabalha nem estuda) e abandonou o curso superior há muitos anos. Satou também é um "hikikomori" (no ocidente o termo relativo seria alguém com acentuado grau de fobia social). Dessa forma o personagem acabou se prendendo em um universo de conspiração que ele acredita ser comandada pela organização secreta intitulada "NHK (Nihon Hikikomori Kyokai)". No entanto, Satou encontra Misaki Nakahara, uma garota que o seleciona para participar de seu "projeto" prometendo curá-lo de sua condição, desde que ele assine um contrato para participar deste "projeto". Outro personagem central na historia é Kaoru Yamazaki, um antigo colega de Satou. Ele é um "otaku" e estudante que aspira ser um criador de jogos, lembrando ainda que a amizade dos dois será responsável pelos momentos mais hilários da série.

Kanda Sorata é um aluno do segundo ano que mora no dormitório para alunos problemáticos da sua escola. Um dia, Shiina Mashiro, uma artista brilhante, muda-se para o Sakurasou. Sora se vê na obrigação de proteger a nova e linda inquilina dos malucos que moram no dormitório embora a própria Mashiro tenha um segredo. Ela não tem a mínima ideia de como viver sozinha e cuidar de si própria. Quando sai, ela acaba se perdendo e seu quarto é uma bagunça absurda. Descobrindo isso, os outros inquilinos nomeiam Sorata como "mestre" de Mashiro, e é assim que um garoto comum e uma brilhante e linda garota acabam tendo que viver como mestre e animal de estimação.