近未来的日本，一个叫做“疏濑”的城市中，市民过着平凡的生活，只不过，在城市的一角，山冈上面耸立着医疗机器制造厂建造的外形酷似熨斗的工厂，每天固定时刻，那个工厂都像刚烫完东西一样散发出大量蒸汽。

小学六年级学生直太，与高中女生真见美，直太那个留学的哥哥的女友，一起在河边打发时间。本该是继续平凡的日子，随着传说中的蜜蜂女——睛子驾驶的电车撞上直太而结束了。直太头上长出了奇怪的角！而睛子居然成为直太家的佣人进入了直太家。睛子的秘密与她口中常念起的“FLCL”的含义，令直太的生活有了翻天覆地的改变。

　　Howard和Vince是一对好哥们儿，也是一所经营不善的动物园里的管理员。Vince有着一头夸张漂亮的头发，热爱时髦之物和电子音乐；相比之下Howard更务实一点，但也更 容易陷入各种危险之中。虽然背景设定在小小的动物园里，但是他们常常卷入各类奇妙的冒险，包括和袋鼠进行拳击比赛，从动物园的地下秘密实验室解救变种动物等等，冒险之地也五花八门，从死亡地狱到北极冻原。