Tokyo 2040, diferentemente do Bubblegum Crisis original, tinha 26 episódios e a história novamente era a luta das Knight Sabers contra os Boomers da corporação Genon. As Knight Sabers são mercenárias misteriosas que por isso nos primeiros episódios são mal vistas pelos policiais da AD Police, oficialmente encarregada dos casos que envolvem Boommers (assim, a relação entre as Knight Sabers e a AD Police lembra a relação entre Batman e a policia de Gothan).

Com o passar dos episódios, e aparecimento de Boomers mais fortes, os laços se estreitam e fica bastante evidente uma paixão entre um dos policiais da AD, Leon McNicole, e uma das Knight Sabers, Priscila ("Priss") Asagiri.

Em um futuro, a cidade de Tokyo foi arrasada devido um grande terremoto, dos escombros surgiu uma nova cidade a MegaTokyo com a ajuda da impresa Genom Corp. Genom criou e produziu criaturas biomecânicas em massa chamadas Boomers para ajudar na construção da MegaTokyo. Quando os Boomers começaram a ficar sem controle, a A.D Police tentou impedi-los, mas eles se mostraram muito mais difíceis de lidar do que se imaginava. Sob a ameaça Boomer cada vez maior, surgi então as Knight Sabers um grupo de quatro meninas com poder suficiente para proteger MegaTokyo.