עשר שנים לאחר מאורעות הסרט "פסיפיק רים", תוכנית ה-"ייגר" הפכה לאמצעי ההגנה המשמעותי ביותר שידעה האנושות. דור אחר דור מצטרפים עוד שחקני חיזוק לתוכנית ה-"ייגר" כדי למנוע את אותן מאורעות שכמעט גרמו להכחדת המין האנושי. וכעת, החשש של בני האדם בעולם עומד להתקיים ובפתח מלחמה עקובת מדם, האם תוכנית ה-"ייגר" תעשה זאת שוב?
Aki isn’t a brave little boy, but he’s dedicated nonetheless to safeguarding his sickly, mute friend Fuyu. They and their little gang live deep underground, in the concrete warrens to which survivors have fled following the eruption of Mt. Fuji. The community is in decline, however, as illness and despair take their toll. Fuyu dreams of the outside world, which he is too frail to ever reach. But what colour is the sky out there?
When monsters suddenly appear from the bottom of the Atlantic Ocean, a special team pilots giant robots to combat the new threat.