La nuova storia segue le eroiche gesta dell'agenzia cripto-zoologica Monarch e dei suoi membri, che fronteggeranno una serie di mostri dalle dimensioni divine, tra cui il possente Godzilla, che si scontrerà con Mothra, Rodan e la sua nemesi più pericolosa, il mostro a tre teste King Ghidorah. Quando queste antiche super specie – ritenute veri miti – tornano in vita, inizierà la competizione per la supremazia, mettendo a rischio l'esistenza dell'umanità.
2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente film. Il giorno dopo, lo scrittore Kenichiro Terasawa e l'editore Chiaki Morimura intervistano un soldato reduce della seconda guerra mondiale, che afferma di aver visto un dinosauro ancora vivo sull'isola di Lagos, nel Pacifico...
Due astronauti (il giapponese Fuji e l'americano Glenn) si dirigono verso un misterioso Pianeta X scoperto vicino a Giove. Improvvisamente vengono attaccati da King Ghidorah, e vengono salvati dagli alieni chiamati Xiliens. Gli alieni spiegano che sono costretti dalle continue incursioni di King Ghidorah (che loro chiamano Mostro 0) a vivere nel sottosuolo. Per questo chiedono ai terrestri di aiutarli: se loro 'presteranno' agli Xiliens Godzilla (Mostro 1) e Rodan (Mostro 2) per combattere il Mostro 0, gli alieni in cambio consegneranno un'assistenza alla loro scienza medica.
Dopo l'indebolimento dell'alleanza sulla Terra, Haruo valuta la possibilità di schierarsi con gli Exif, il cui culto della morte evoca un mostro capace di distruggere il mondo.
Godzilla incombe sul Giappone e nessun'arma può fermarlo. Intanto una giovane giornalista viene a sapere da un vecchio dell'imminente resurrezione dei tre mostri guardiani che proteggeranno l'umanità dal male. Quando Godzilla sbarca viene in principio aggredito da Baragon, che viene però sconfitto dal rettile gigante. In seguito dovrà vedersela con Mothra che verrà comunque battuta. È il turno di Ghidorah, l'unico che sembra poter eliminare Godzilla, che grazie al potere degli spiriti dei suoi due compagni morti riesce ad avere ragione di lui, anche se dopo un durissimo combattimento Godzilla riesce a sconfiggerlo. Però un anziano comandante di marina vuole ucciderlo per vendicarsi della morte dei suoi genitori provocata dal mostro durante il raid avvenuto nel '54...
Due orribili mostri stanno distruggendo Tokyo e Godzilla, accorso come sempre per difendere la Terra, si trova in difficoltà. In realtà, sotto sembianze umane, gli abitanti della Nebulosa M, non potendo più vivere sui loro pianeti contaminati, hanno deciso di impradonirsi del nostro pianeta. Ecco allora che Godzilla, Gigan, Anguirus, il tricefalo volante spaziale King Ghidorah, Mothra, Rodan, il gigantesco ragno Kumonga, Kamacuras, Minilla, il figlio di Godzilla, e Gorosaurus tornano a combattere per la salvezza del genere umano mentre le forze armate giapponesi si dimostrano, ancora una volta, prive di efficacia nelle azioni difensive.
Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...
A new Mothra takes to the air and battles against Desghidorah to save all of humanity.
To save the world, Mothra goes back in time in an attempt to defeat a younger King Ghidorah.
A heartwarming story in which samurai, enemies, zombies, and monsters become allies and face something even bigger.