Membros da agência Monarch enfrentam monstros gigantescos, incluindo o poderoso Godzilla, que entra em choque com Mothra, Rodan e seu maior inimigo, King Ghidorah, o monstro de três cabeças. Essas antigas superespécies disputam a supremacia, deixando a própria existência da humanidade em risco.
Quando um OVNI pousa no Japão e seus tripulantes alegam vir de um futuro onde o país foi destruído por Godzilla, um grupo de pesquisadores junta-se a eles em uma viagem ao passado para evitar o surgimento do monstro. Mas isso acaba por trazer à vida um ser ainda mais terrível, King Ghidorah, e apenas o próprio Godzilla é capaz de enfrentá-lo.
Com o enfraquecimento da aliança com a Terra, Haruo considera se aliar aos Exifs, praticantes de um culto mortal que pode destruir o mundo.
Os astronautas Glenn e Fuji investigam o Planeta X quando encontram alienígenas misteriosos chamados Xiliens. Após contato com os estrangeiros, a Terra se compromete a ajudar o povo do Planeta X contra Monstro Zero. Como Glenn investiga, ele se apaixona pela senhorita Namikawa e descobre as verdadeiras intenções dos Xiliens.
Godzilla ressurge depois de anos adormecido no fundo do mar. É acordado de seu sono por um acidente com um submarino americano, a radiação da nave provoca a fúria do gigante que investe mais uma vez contra o Japão. Cabe aos três monstros guardiões do continente (BARAGON, MOTHRA e KING GHIDORAH) deter e destruir o poderoso Godzilla que ameaça o Japão.
Quando invasores alienígenas planejam um parque temático para crianças com quatro monstros gigantes para se colidem, o resultado é a inevitável batalha para o destino da Terra. Pelo menos, é assim que é para Godzilla, que junta-se com seu antigo inimigo espetado Anguirus para um combate contra dois de seus maiores adversários: o lendário tricéfalo King Ghidorah e Gigan, um cyborg cuja conspiração para acabar com a vida humana está habilmente disfarçada como planos para a construção de um parque temático infantil.
No futuro distante de 1999, todos os monstros da Terra foram capturados e detidos nas Ilhas Ogasawara. Tudo está bem no sistema solar até uma raça de alienígenas mulheres controlarem os monstros e liberá-los, causando estragos em todo o mundo. Godzilla ataca Nova Iorque; Rodan invade Moscou; Mothra devasta Pequim; Gorosaurus destrói Paris; e Manda ataca Londres!
Durante uma escavação, funcionários de uma mineradora acham um simbolo estranho entre as rochas. Um selo magico que guarda ali, uma grande criatura que há muitos anos aterrorizou a terra, chamada Desghidorah. A quebra do selo liberta o monstro que mais uma vez, causa destruição e pânico. É chegada a hora de mais uma vez, Mothra, surgir para defender o planeta. Mas, Mothra se encontra em estado crítico, pois ela está muito velha e gastou energia para gerar um ovo. Tem inicio uma batalha entre gigantes monstros, onde o resultado decidirá o futuro do planeta.
Após a queda de meteoritos na terra, crianças começam a desaparecer nos locais onde foi vista uma grande sombra sobrevoando a cidade. As irmãs fadas(Elias) vão investigar e acham vestígios de essência de dinossauros e percebe que um grande mau foi liberado. King Ghidorah está de volta, um monstro que acredita-se ter visitado a terra há milhões de anos e ter causado destruição aos dinossauros. Mais uma vez Mothra surge para a batalha, mas seu inimigo é muito forte e ela é obrigada a tomar uma grande decisão para poder derrotá-lo.
A heartwarming story in which samurai, enemies, zombies, and monsters become allies and face something even bigger.