Tämä pienelle saarelle sijoittuva, kesäinen, jännittävä tieteistarina alkaa Shinpei Ajiron lapsuudenystävän, Ushio Kofunen, kuoltua. Shinpei palaa kotikyläänsä ensimmäistä kertaa kahteen vuoteen osallistuakseen hautajaisiin. Hänen paras ystävänsä, Sou Hishigata, epäilee Ushion kuolemaan liittyneen jotain kummallista ja että joku muu saattaa kuolla seuraavaksi. Tilanne enteilee pahaa, kun naapurissa asunut kokonainen perhe yhtäkkiä katoaa seuraavana päivänä. Lisäksi Mio viittaa kolme päivää ennen Ushion kuolemaa ilmenneeseen "varjoon".

Satoru Fujinuma is a struggling manga artist who has the ability to turn back time and prevent deaths. When his mother is killed he turns back time to solve the mystery, but ends up back in elementary school, just before the disappearance of his classmate Kayo.