Uusi tarina seuraa kryptoeläintieteellisen viraston sankarillisia otteita, kun sen jäsenet kohtaavat jumalattoman kokoisia hirviöitä, mukaan lukien mahtavan Godzillan taistelemassa Mothran, Rodanin sekä pahimman vastustajansa kolmipäisen King Ghidorahin kanssa. Kun nämä muinaiset superlajit joita pidettiin pelkkinä myytteinä nousevat jälleen, ne kaikki tavoittelevat luomakunnan kruunua ja uhkaavat samalla ihmiskunnan olemassaoloa.
A 17th-century Caribbean port rumored to have frequented by pirates rises from the ocean floor, where it came to rest after an earthquake many years before. A scientist wants to study it, some thugs want the treasure alleged to be stored there, a bunch of mutated giant crabs living there attack them all.