Il y a cinq ans, Godzilla a sauvé l'humanité. San Francisco a toutefois été détruit, faisant de nombreuses victimes collatérales, dont un enfant de la scientifique Emma Russell. Aujourd'hui, elle habite en Chine avec sa fille adolescente, s'intéressant de près à ces bêtes mythiques. Le duo est pris en otage par un commando qui tente de réveiller plusieurs monstres apocalyptiques partout sur la surface de la planète afin de rétablir l'équilibre de la nature. Son ancien mari Mark se lance à leur rescousse, recevant l'aide d'une agence bien spéciale et même de Godzilla.

A 17th-century Caribbean port rumored to have frequented by pirates rises from the ocean floor, where it came to rest after an earthquake many years before. A scientist wants to study it, some thugs want the treasure alleged to be stored there, a bunch of mutated giant crabs living there attack them all.