Membros da agência Monarch enfrentam monstros gigantescos, incluindo o poderoso Godzilla, que entra em choque com Mothra, Rodan e seu maior inimigo, King Ghidorah, o monstro de três cabeças. Essas antigas superespécies disputam a supremacia, deixando a própria existência da humanidade em risco.
A 17th-century Caribbean port rumored to have frequented by pirates rises from the ocean floor, where it came to rest after an earthquake many years before. A scientist wants to study it, some thugs want the treasure alleged to be stored there, a bunch of mutated giant crabs living there attack them all.