A agência cripto-zoológica Monarch enfrenta uma quantidade de monstros de proporções inimagináveis, incluindo o poderoso Godzilla. O réptil gigantesco irá colidir com Mothra, Rodan e o maior e mais poderoso inimigo de todos – o rei Ghidorah de três cabeças.

A 17th-century Caribbean port rumored to have frequented by pirates rises from the ocean floor, where it came to rest after an earthquake many years before. A scientist wants to study it, some thugs want the treasure alleged to be stored there, a bunch of mutated giant crabs living there attack them all.