Um agente secreto tem um acidente brutal na estrada. Acorde na bucólica cidade rural Wayward Pines, em Idaho. Logo você vai perceber que sair de lá será quase impossível.

A busca pelos filhos desaparecidos de Lori Vallow começa a revelar mortes suspeitas, um marido com as mesmas crenças apocalípticas e, pior ainda, assassinatos.