故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分（学生作为人体科学实验对象）。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为7级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）（level 6为绝对能力者）。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为幻想杀手（Imagine-breaker）。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过著不幸的生活。某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女；这位少女自称自己的名字叫“茵蒂克丝”（Index），并是从魔法的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，上条当麻一脚踏进了奇妙而美丽又黑暗的世界，开始了上条当麻与御坂美琴的战斗……掌握了十万三千本究极魔法书（魔导书）的少女与拥有抹杀一切奇迹的神上之手的少年，将面临一系列故事……
故事发生在面积占据东京都西部的三分之一，居住着 230 万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、异能力者（Level 2）、强能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level 5）。主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者（Level 5）的其中一人，排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”，因其特有的绝招（将硬币以 3 倍音速的初速发射）“超电磁炮”而得名。
这是一个一部分青春期的少年少女身上会随时引发特殊能力的世界，而主角乙坂有宇就是一名能够控制他人身体5秒的少年，且恶意利用这种能力获得优等生的生活。但是，他的行为被来自星之海学园学生会的友利奈绪和高城丈士朗揭发，乙坂有宇和妹妹乙坂步未自此被逼转校至星之海学园，与奈绪一同去查找并保护其他不受学园管辖、甚至滥用能力的能力者，并和同为学生会成员的人气偶像西森柚咲过着奇妙快乐的日子。
然而有一天，妹妹乙坂步未发动她的特殊能力“崩坏”后意外死亡，使有宇大受打击而开始自暴自弃的生活，直至友利的出现才得以重新振作。在有宇恢复正常生活后，友利带他出席一场演唱会，期间有宇却突然昏迷。有宇昏迷期间不仅找回了自己对拥有“时空跨越”能力的哥哥 —— 乙坂隼翼的记忆，还知道了自己真正的特殊能力其实是能够夺取他人特殊能力的“掠夺”。
有宇苏醒后跟隼翼再会，夺取了隼翼的“时空跨越”能力，成功回到过去拯救了步未。不过正当各人以为能重新过正常生活的时候，有宇遭到了海外恐怖组织的袭击，失去了右眼。有宇为了根除问题，决意走遍世界、夺取世上所有拥有特殊能力者的能力。在启程前，友利与有宇约定“归来后便成恋人”。
有宇在海外不断夺取他人的能力，化成了怪物般的存在，但夺取如此多能力的副作用是令有宇在完成任务后失去了所有记忆。再会后，友利向失忆的有宇自白，承认了自己是他的恋人，并跟他约定从此要过上幸福的生活。
谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？
事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释
新田义史（中岛良树 配音）是就职于芦川组的黑社会干部，虽然长相非常的凶恶，从事的也是令人闻风丧胆的职业，但实际上，新田义史拥有一颗十分善良的心灵。一天，一个神秘的椭圆形物体掉落到了新田义史的房间里，在那里出现了一个美丽的少女雏（田中贵子 配音）。面无表情的雏向新田义史强大的念动力，迫于雏的淫威，新田义史不得不让她以女儿的身份住进自己的家中，就这样，黑社会人事和超能力少女的同居生活开始了。因为拥有非常强大的力量，雏常常会失控暴走，制造了一堆麻烦留给新田义史来扫尾。起初，“父女”两人之间的关系十分紧张，但随着时间的推移，竟然真的生出的亲情。
转学到翠丘高中的琴浦春香看上去是个普通的女高中生，实际上拥有读取人的心思的能力。
这个能力让她自幼就遭受各种经历，也使她关上了自己的心扉，和周围人保持距离。
当她与班上邻座的真锅义久相遇后，虽然一直被真锅色色的妄想玩得团团转，她的心扉同时也逐渐打开了。
20世纪末，日本成为世界大国。因此，恐怖组织开始以该国为目标，希望破坏世界政治的稳定。其中最危险的是红色五月，这是一个致力于传播共产主义的组织。为了应对日益严重的暴力，政府成立了一个隐秘组织：特别安全部队.......
《绝灭危愚少女 Amazing Twins》是由日本动画导演佐藤顺一监督、预定2014年发售的OVA动画。本作号称是佐藤顺一监督继《百变之星》以来，时隔10年再度制作的“原创动作剧”。