Em 2027, ano seguindo o fim da 4.ª Guerra Mundial não-nuclear, a jovem ciborgue Motoko Kusanagi deixa a organização federal clandestina para ajudar a criar uma nova unidade, a futura Secção 9.

O oficial de Segurança Pública Amaraki Daisuke contrata Kusanagi Motoko, com ela está Batou "Olhos Que Nunca Dormem" que acredita que ela é uma criminosa, e também o Detetive Togusa de Niihama que investiga uma série de assassinatos de prostitutas e acredita que estão ligados ao incidente e ao Tenente-Coronel Kurts da Unidade 501, por isso fica de olho em Kusanagi.