Larme ultime relate l’histoire de deux adolescents, Shuji et Chise. Il est sportif et sérieux ; elle est timide et ses résultats scolaires sont médiocres.

Néanmoins le destin les unit quand Chise trouve le courage d’avouer ses sentiments à Shuji, devenant ainsi sa petite amie.

C’est lors d’une sorti avec leurs amis d’enfance, dont Akemi, que la ville sera bombardée par des avions de l’armée.

C’est alors que Shuji perd sa petite amie qu’il retrouve un peu plus loin dans les ruines. . . transformée.