故事的主角是一個北海道的學生修次。他的同班同學千瀨在故事開始的時候就已向修次表白了。但因為千瀨的害羞性格和修次的不善辭令，所以他們就以寫交換日記來開始他們的情侶關係。

一日，當修次和朋友到札幌購物的時候，不明來歷的轟炸機對札幌進行了猛烈的轟炸。修次和他的朋友找地方作掩護時，他見到了一個快速的小型飛行物體向敵軍的轟炸機進行攻擊。修次和他的朋友失散了之後，他在廢墟堆中徘徊。當他在廢墟堆當中見到增生了翅膀、武器、不再心跳且衣著破爛的千瀨之後，千瀨告訴他，她已經成為日本自衛隊的「最終兵器」，故事於是開始……