During a concert by idol group Zwei Wing, an alien force known as the Noise attack the stage. Group members Tsubasa Kazanari and Kanade Amou suppress the attack using their Symphogear armor, but despite their best efforts, innocent bystander Hibiki Tachibana is fatally injured. Distraught and much to Tsubasa's dismay, Kanade sacrifices herself in the process to save Hibiki.

Two years later, Hibiki lives on. Tsubasa now fights alone. With the threat of the Noise increasing, Hibiki finds herself encountering the Noise once again but this time she is granted a chance to become attuned with the same Symphogear that Kanade wielded.

Seriale visas dėmesys sutelktas į Belą Svei – Mėnulio krovinių pilotę ir kontrabandininkę, gyvenančią ateityje. Bela apkaltinama įvykdžiusi nusikaltimą ir nugabenama į Mėnulio prieglobstį. Tai - utopinė bendruomenė, įsikūrusi 500 kvadratinių mylių dydžio Edeno sode, pastatytame Mėnulyje, kurios tikslas – rasti sprendimus problemoms, kad civilizacija Motinoje Žemėje neišnyktų.

Skeptiškai nusiteikusi Bela įtraukiama į sąmokslą, kuriuo siekiama perimti dirbtinio intelekto, atsakingo už Mėnulio prieglobsčio stebuklus, ir susibendradarbiavusi su vietiniu detektyvu stengiasi, kad būtų sustabdytos Žemę norinčios sunaikinti jėgos.