En 2012 la Terre est entrée en guerre contre une race de géant extraterrestre appelée Zentradi et le genre humain à failli disparaître. Après la guerre et la réconciliation avec les Zentradis, une grande campagne de colonisation de l'espace à été mise en œuvre afin de préserver l'humanité.
En 2059, la 55ième flotte de colonisation surnommée Macross Frontier, avec à sa tête le 25ème vaisseau de classe New-Macross, continue son voyage vers le centre de la galaxie. Sheryl Nome, chanteuse surnommée la « Fée Galactique », arrive sur Frontier pour un concert très attendu, notamment par Ranka qui est une grande fan. Alto, Michael et Luca, tout les trois élèves pilotes de valkyries, sont embauchés pour ce fameux concert. Tout se passe pour le mieux lorsque tout à coup des aliens surgissent de la ceinture d'astéroïdes proche et attaquent la colonie.
Pour éviter l'extinction, l'espèce humaine s'est tournée vers l'espace où elle s'est liée à d'autres espèces. En un peu plus de 50 ans est né un gigantesque empire interstellaire, où différents peuples cohabitent. Malheureusement, cette paix apparente est gravement menacée par le Syndrome Var, une terrible maladie qui incite à la violence tous ceux qui la contractent. An 2067 AD. Sur la planète Al Shahal, d'étranges phénomènes ont été observés, faisant craindre une infection massive. Les Walkure, des chanteuses dont les mélodies peuvent contrer les effets du virus, sont donc envoyés incognitos pour enquêter et, si nécessaire, intervenir.
35 ans se sont écoulés depuis que Lynn Minmay a apporté la paix entre les Zentradi et les humains. Nekki Basara est un guitariste et un chanteur du groupe Fire Bomber. Vivant dans la colonie volante City 7, il compose et chante des chansons en croyant que la musique a un plus grand pouvoir. Cependant, une race extraterrestre inconnue est apparue et a commencé à assiéger City 7.
Après qu'un mystérieux vaisseau spatial se soit écrasé sur la Terre, l'humanité se rend compte qu'elle n'est pas seule. Craignant une menace potentielle de l'espace, le monde s'unit. Le vaisseau spatial extraterrestre est réparé sous le nom de SDF-1 Macross. Malheureusement, le jour de son voyage inaugural, une flotte de vaisseaux spatiaux appartenant à une race d'extraterrestres, les Zentradi descend sur Terre, et le SDF-1 Macross, agissant de son propre chef, abat l'éckaireur, déclenchant une guerre intergalactique.
Essayant de gagner l'orbite lunaire, le vaisseau - ainsi que la ville dans laquelle il se trouvait - est téléporté aux confins de l'espace. Hikaru Ichijou, un pilote doué, et Lynn Minmay, une chanteuse en herbe, sont entrainés mal grès eux dans cette bataille...
Initialement, au Japon, les séries animés Southern Cross, Mospeada et Macross n'ont aucun lien entre eux. Réunis dans Robotech, ils correspondent chacun à une époque et une guerre Robotech.
Des liens ont été créés par les Américains et certaines notions transformées. Par exemple, la protoculture, dans les séries, films et OAV Macross, est une civilisation. Elle devient une énergie dans Robotech, évoquée aux trois époques.
2089 après J.-C. - 80 ans se sont écoulés depuis que la première guerre spatiale a changé la vie des races humaine et zentraedi. Les deux races sont en paix sur Terre lorsqu'une nouvelle race extraterrestre appelée "Marduk" fait son apparition dans le système solaire. En couvrant la première bataille entre l'U.N. Spacy et la flotte Marduk, le reporter débutant de SNN Hibiki Kanzaki découvre Ishtar, un "Emulateur" qui améliore les capacités de combat des Marduk par le chant. Hibiki amène Ishtar sur Terre pour lui enseigner les valeurs de la vie et de la culture. Avec Silvie Gena, pilote de Valkyrie, Hibiki et Ishtar doivent trouver un moyen de sauver la Terre de la destruction totale aux mains du leader marduk Ingues.
En 1999, un énorme vaisseau extra-terrestre s'écrasa sur Terre. Les Humains parvinrent à maîtriser cette nouvelle technologie et l'utilisèrent dans un but militaire, aboutissant à une guerre entre les forces gouvernementales et antigouvernementales. De nombreuses vies furent perdues lors de ces combats, et les forces militaires furent petit à petit obligées de recruter leurs soldats parmi les jeunes. C'est ainsi que Kudô Shin, jeune recrue qui n'était encore qu'un enfant lorsque le conflit commença, se retrouve au sein des forces gouvernementales en tant que pilote de F-14. Lors d'une mission, son appareil est touché et s'écrase en mer. A son réveil, il s'aperçoit qu'il a été sauvé par une tribu habitant une île qui semble avoir été oubliée par le temps : Maya.
En 2040, l'humanité a implanté plusieurs colonies dans la galaxie. L'IA est proche de la perfection et la chanteuse virtuelle Sharon Apple en est la représentation la plus aboutie. Tout ce qui lui manque, ce sont ses sentiments réels, copiés sur ceux de Myung Fang Lone. Le premier concert de Sharon a lieu sur la planète Eden, où les pilotes de chasse Isamu Dyson et Guld Bowman sont en concurrence dans un projet de développement de prototype de chasseur aérien nommé "Supernova". Isamu, Guld et Myung étaient autrefois des amis d'enfance, mais après un accident il y a sept ans, ils se sont séparés. Avec le retour de Myung, les vieilles querelles sont à nouveau réveillées. Et lorsqu'une technique d'IA instable et illégale est installée à Sharon, la situation s'aggrave.