Sono ormai passati 35 anni da quando Lynn Minmay ha portato la pace tra zentradi e umani. Basara, 21 anni, è un chitarrista e cantante della rock band Fire Bomber. Compone e canta canzoni nella convinzione che la musica possegga un grande potere. Vive nei pressi di City 7, in un settore in decadenza non registrato come facente parte della flotta Macross 7, in viaggio per lo spazio alla ricerca di un pianeta abitabile. Durante questo viaggio una razza aliena sconosciuta appare dal nulla, iniziando l'assedio della città. I suo i attacchi, però, non sono convenzionali. Anzichè uccidere o sottomettere la popolazione, ruba a quest'ultima lo "Spiritia", l'energia spirituale presente negli essere viventi, riducendo le vittime a uno stato vegetale. Nel corso di queste battaglie, Basara, a bordo del suo personale caccia VF-19 Excalibur Custom, vola nel mezzo della zona di guerra, cantando le sue canzoni aspettandosi che amici e nemici lo ascoltino e siano scossi dalla sua musica.

Nel 1999 un'astronave aliena si schianta su un'isola della Terra. Temendo un'invasione aliena, l'astronave viene ricostruita per renderla ammiraglia di una flotta basata sulla nuova tecnologia acquisita. 10 anni dopo, nel giorno dell'inaugurazione della nuova astronave, ribattezzata Super Dimensional Fortress 1 Macross, un meccanismo di autodifesa della nave si attiva inaspettatamente, sparando una cannonata interplanetaria che distrugge alcune navi aliene in orbita intorno alla terra e attirando quindi l'attenzione degli Zentradi, un popolo dedito alla guerra. La flotta aliena attacca quindi la terra. Per allontanare il pericolo dal pianeta, Macross caricherà a bordo gli occupanti dell'isola (diventando quindi una città volante) e farà una piega spazio-temporale (un wormhole); l'astronave uscirà dalla piega per sbaglio nei pressi di Plutone ritrovandosi sola contro una gigantesca flotta di nemici.

Le vicende di Delta si collocano nell'anno 2067, otto anni dopo le vicende di Macross Frontier, su un pianeta ai confini della galassia sotto la minaccia di una non meglio identificata "Sindrome di Var" avente qualche legame con "l'eredità della Protocultura" (l'antica civiltà scomparsa, che nell'universo di Macross abitava la Galassia ai suoi albori). Qui avviene l'incontro tra Freyja Wion, una ragazza del pianeta Windermerian fuggita di casa sperando di poter unirsi al gruppo delle Walküre, dive che cercano di contrastare la Sindrome di Var attraverso le loro canzoni, e Hayate Immelmann, un ragazzo libero come il vento che viaggia di pianeta in pianeta...

Anno 2040 (28 anni dopo gli eventi narrati in The Super Dimension Fortress Macross) su un pianeta di tipo terrestre, chiamato Eden. Gli esseri umani e gli zentradi hanno iniziato a colonizzare la galassia e questa espansione ha portato allo sviluppo di tecnologie sempre più sofisticate. L'intelligenza artificiale di cui possono disporre i computer è ormai quasi in grado di sviluppare l'autocoscienza, e proprio grazie a queste innovazioni, è stata creata Sharon Apple, cantante "virtuale" di grande successo. Sharon Apple è perfetta, l'unica cosa che le manca è una propria personalità, che prende in prestito da colei che le presta anche la voce, Myung Fang Lone.

Il concerto di debutto di Sharon si tiene sul pianeta Eden (una delle colonie terrestri), dove nello stesso momento, i piloti e collaudatori di caccia Isamu Dyson e Guld Bowman si stanno sfidando per dimostrare la propria superiorità e quella del proprio mezzo (i Valkyrie YF-19 e YF-21) . In realtà un tempo, Isamu, Guld e Myung erano grandi amici, ma in seguito ad un incidente avvenuto sette anni prima, le strade dei tre giovani si separarono inesorabilmente. Quando Isamu e Guld vengono a sapere che Myung è tornata, fra i due si riaccende fortissima la rivalità, dato che entrambi erano innamorati della ragazza.

Quando una AI instabile ed in fase di sperimentazione viene installata in Sharon Apple, che a questo punto può fare a meno di Myung, la situazione precipita e la cantante cerca di prendere possesso dei sistemi della prima nave Macross.

Anno 2059. L'umanità è ormai definitivamente entrata nell'era della colonizzazione dello spazio e molte flotte di coloni spaziali sono da tempo in viaggio in ogni zona della galassia alla ricerca di nuovi pianeti su cui stabilirsi. Una di queste flotte colonizzatrici, la Macross Frontier, è in viaggio verso le zone centrali della Galassia ma per i suoi abitanti non è l'andamento della traversata l'argomento di maggiore interesse. Sulla nave madre della flotta Frontier è infatti in arrivo una grande celebrità: Sheryl Nome, conosciuta anche come la "Fata Galattica", la cantante più famosa e popolare di tutte le flotte Macross.

Contemporaneamente tra i cadetti assegnati a fare da supporto alla super star c'è Alto Saotome, un ragazzo proveniente da una famiglia di spicco nel teatro tradizionale giapponese ma che ha abbandonato tale strada dopo una crisi per seguire la carriera di pilota.

Taking place one year before the events of the original Macross series, Macross Zero chronicles the final days of the war between the U.N. Spacy and anti-U.N. factions. After being shot down by the anti-U.N.'s newest fighter plane, ace pilot Shin Kudo finds himself on the remote island of Mayan, where technology is almost non-existent. While Shin stays on the island to heal his wounds, the tranquility of the island is shattered by a battle that involves the UN's newest fighter - the VF-0.

Nel 1999, una ciclopica astronave aliena si schianta su Macross, un'isola della Terra.

Dallo studio di questo eccezionale artefatto, gli scienziati terrestri ottengono conoscenze tecnologiche piuttosto avanzate, che portano alla costruzione di nuovi mezzi bellici come i caccia trasformabili VF-1 Varitech (soprannominati anche Valkyrie) ed al ripristino della stessa astronave aliena (ribattezzata, in seguito, SDF-1, Super Dimensional Fortress 1).

Durante la cerimonia d'inaugurazione della nave, il popolo alieno dei giganteschi Zentradi attacca l'isola ed i suoi abitanti. Un pilota acrobatico, Rick Hunter, sale a bordo di un aereo militare (un caccia Valkyrie) e viene suo malgrado coinvolto nel combattimento (schiantandosi infine, sulla casa di una giovane ragazza, Lynn Minmay).

Le forze aliene sono così superiori a quelle terrestri che e il comandante dell'SDF-1, Henry Gloval, ordina di compiere un salto iperspaziale, che trasferisce la fortezza spaziale e, come effetto collaterale, anche gran parte dell'isola di Macross e le due navi da guerra Daedalus e Prometeus, in prossimità di Plutone.

La gigantesca astronave diventa così una vera città spaziale, in cui i superstiti dell'incidente vivono sotto la costante minaccia degli Zentradi, i quali, localizzata la nave ne inseguono la scia.

A.D. 2089 - Sono passati 80 anni da quando la Prima Guerra Spaziale ha cambiato la vita degli umani e degli Zentraedi. Entrambe le razze sono in pace sulla Terra quando una nuova razza aliena chiamata "Marduk" appare nel sistema solare. Mentre copre la prima battaglia tra l'U.N. Spacy e la flotta Marduk, la reporter esordiente della SNN Hibiki Kanzaki scopre Ishtar, un "emulatore" che migliora le capacità di combattimento dei Marduk attraverso il canto. Hibiki porta Ishtar sulla Terra per insegnarle i valori della vita e della cultura. Insieme all'asso della Valchiria Silvie Gena, Hibiki e Ishtar devono trovare un modo per salvare la Terra dalla distruzione totale per mano del leader dei Marduk Ingues.