Em Ghost in the Shell: SAC_2045, somos transportados para o ano de 2045, após o mundo ter passado por um desastre econômico que colocou fim ao valor do dinheiro como nossa sociedade o conhecia. Por conta disso, as quatro principais nações do mundo começaram a investir em uma "guerra sustentável" para fazer com que a economia voltasse a girar. Nesta realidade, acompanhamos Motoko, Batou e outros antigos membros da Seção 9 que agora trabalham como capangas para o grupo GHOST. Eles usam suas especialidades em tecnologia e batalha para conseguirem sobreviver enquanto desarmam pontos importantes ao redor do mundo. No entanto, quando uma emergência "pós-humana" aparece e uma conspiração é descoberta, esses habilidosos mercenários precisam se reunir uma vez mais.

Lain é uma jovem adolescente solitária que desenvolve um fascínio pela informática e pelo Wired após a morte de uma das suas colegas de escola. Um e-mail, enviado por esta após a sua morte, explica que o seu corpo deixou de viver e que ela vive agora no wired.