어느 날 일반 진학교인 쿠누기가오카 중학교의 낙오자반이라고 불리는 3학년 E반에 정부 사람들과 인간이 아닌 정체불명의 생물이 찾아온다. 이 수수께끼의 생물은 어느 날 갑자기 나타나 달의 70%를 날려 버린 초생물로 내년에 지구를 날려버리겠다고 선언한 공공의 적. 마하 20의 속도로 하늘을 날며, 상상을 초월한 공격력과 다양한 능력을 가진 이 생물이 무슨 이유에서인지 ‘쿠누기가오카 중학교 3학년 E반의 선생님으로 일하겠다는 제안을 했고, 세계는 그것을 받아들인 것이다. 정부는 감시와 동시와 암살을 할 수 있기 때문에 이 제안을 승낙한다. 암살 성공의 보수 100억 엔과 인류의 운명을 걸고 30명의 중학생과 살생님의 긴장감 넘치는 수업이 시작된다.

불의의 사건 때문에 F반으로 강등된 고등학교 졸업반 모범생. 어떻게든 다시 A반으로 올라가야 해! 하지만 바람과는 달리, 그녀는 교내 말썽 집단과 관련된 일에 휘말린다.