À son réveil, la timide Natsu découvre qu'elle fait partie d'un groupe choisi pour assurer la survie de l'humanité sur une Terre qui a radicalement changé.

Dans un futur lointain, l'Alliance Galactique Humaine continue de lutter pour sa survie contre une espèce extraterrestre appelés « Hidiaazu ». Au cours d'une bataille intense, le jeune Redo est englouti avec son armure mobile Chamber dans une distorsion temporelle. Réveiller de son hibernation artificiellement provoquée, celui-ci se rend compte qu'il est arrivé sur la Terre, berceau de l'humanité censé ne plus être habitable depuis des milliers d'années. Pourtant, sur cette planète qui a été complètement submergé par les eaux, des gens vivent dans des flottes géantes en récupérant des reliques provenant des profondeurs des mers afin de survivre. Remorqué sur une des flottes appelée Gargantia, il fait la connaissance d' Amy, une jeune fille de 15 ans qui sert de messager tout en lui apprenant les coutumes de sa région.

Condamné à tort pour le meurtre collectif de ses camarades de classe, il doit endurer un système pénitentiaire cauchemardesque tout en essayant de prouver son innocence.

Kwenser Barbotage est une jeune personne qui s'est engagé dans la base militaire de l'Alaska pour étudier Heavy Objects. Les Heavy Objects sont des armes révolutionnaires qui ont complètement chamboulé le destin de la guerre. Kwenser va faire la rencontre de Milinda Brantini qui est elle aussi une pilote d'Heavy Objects. A eux deux, ils vont vite découvrir les véritables enjeux concernant ces armes.

Ryota Sakamoto est un jeune homme adepte du jeu Btooom! et classé 10e meilleur joueur au monde. Mais du jour au lendemain, sans savoir pourquoi, il est enlevé par des hommes en noir et se retrouve perdu sur une île déserte. Pour survivre, il va devoir suivre les mêmes règles que dans son jeu vidéo favori : repérer les autres personnes perdues sur l’île comme lui et les tuer à l’aide des mêmes types de bombes que dans le jeu. Il se retrouve désormais plongé dans un Battle Royal avec les risques que ça comporte.

Quand Haruhito se réveille, il est dans l’obscurité. Il ne sait pas où il est, ni d’où il vient, ni pourquoi. Autour de lui, des personnes qu’il ne connaît pas semblent vivre la même situation. Ils découvrent alors un monde semblable à un jeu vidéo, appelé «Grimgar». Pour survivre dans ce milieu hostile et comprendre ce qui leur arrive, ils devront faire équipe, coopérer et apprendre de nouvelles compétences.