Nieśmiała Natsu po przebudzeniu dowiaduje się, że należy do grupy wybrańców, którzy mają zapewnić ciągłość rasy ludzkiej. Razem muszą przetrwać na odmienionej Ziemi.
Majestatyczna, gwiezdna flota ludzkości składająca się z najróżniejszego typu żelastwa, od mechów począwszy, a na olbrzymich krążownikach i latających działach skończywszy, gdzieś w przestrzeni kosmicznej odpiera atak dziwacznego, zmutowanego najeźdźcy. Pewien pilot mecha ewakuuje się z tej ogromnej bitwy i poprzez zawirowanie przestrzeni wpada w zupełnie inną część kosmosu, niż było to początkowo planowane. Szybko orientuje się, że trafił na milenia temu opuszczoną planetę ludzi o wdzięcznej nazwie Ziemia. Co więcej, odkrywa, że planeta jest znów (po katastrofie, która zmusiła ludzkość do wyprowadzki) zdatna do życia i kolonizacji, a ponadto zamieszkana! Choć dawny układ lądów już nie funkcjonuje, planeta jest jednym wielkim oceanem, a niedobitki starożytnej cywilizacji żyją na statkach, to odkrycie wciąż jest dla Ledo olbrzymim szokiem.
Ganta Igarashi wiódł spokojne życie, dopóki za oknem swojej klasy nie zobaczył człowieka, który w przeciągu paru minut zabił wszystkich jego przyjaciół, a jego samego z niewyjaśnionych powodów zostawił przy życiu. Główny bohater zostaje oskarżony o morderstwo 29 uczniów, skazany na śmierć i przewieziony do Deadman Wonderland, czyli miejsca, w którym będzie musiał walczyć o przetrwanie jako atrakcja turystyczna.
W przyszłości pomiędzy światowymi potęgami toczone są tzw. "czyste wojny", a nowy rodzaj broni, "Object", odesłał do lamusa inne typy uzbrojenia, łącznie z bronią atomową. Jest to ważąca 20 000 ton broń, czyniąca żołnierzy z krwi i kości niepotrzebnymi. Cały świat został podzielony przez światowe mocarstwa na bezpieczne kraje i na te będące polami bitew. W mobilnej bazie wojskowej znajdującej się na Alasce stacjonuje Object pierwszej generacji, Baby Magnum, pilotowany przez młodą Milindę. Znaleźli się tam także Quenser, student marzący o zostaniu konstruktorem Objectów, oraz będący arystokratą szeregowy, Heivia. Wkrótce Baby Magnum wyrusza do walki z wrogą maszyną należącą do następnej generacji. Czy w świecie, gdzie Objecty są synonimem wojny, Quenser, będący zwykłym człowiekiem, może w jakikolwiek sposób przeciwstawić się tej kolosalnej broni?
Niczym niegdyś przez Counter-Strike’a, rynek pierwszoosobowych nawalanek został zdominowany przez nową grę – Btoom! Gigantyczny, otwarty świat godny MMO, bogate życie społeczne online, potężna rzesza graczy z całego świata i co najważniejsze genialny i innowacyjny system walki, opierający się nie na karabinach, a na wszelkiej maści ładunkach wybuchowych, to tylko kilka z bezkresnej listy zalet nowego pioniera. Komuś jednak to wszystko nie wystarczyło i postanowił przenieść grę ze świata wirtualnego do realnego. W ten sposób nasz główny bohater - dwudziestodwuletni Ryouta Sakamoto, jeden z najlepszych graczy Btoom! - zostaje porwany, zrzucony na bezludną, tropikalną wyspę, wyposażony w zestaw bomb i zmuszony do walki na śmierć i życie z innymi „graczami”.
Pewnego dnia po przebudzeniu Haruhiro zorientował się, że stracił wszystkie wspomnienia. Mało tego, znalazł się w totalnych ciemnościach, w nieznanym mu pomieszczeniu. Nie był jednak jedyną osobą, która została postawiona w takiej sytuacji. Dało się usłyszeć kilkanaście innych, równie zagubionych głosów. Jedna z tych osób podjęła się udanej próby wyprowadzenia grupy z, jak się okazało, jaskini. Oczom Haruhiro ukazał się wtedy widok jednocześnie piękny i przerażający. Dlaczego? Otóż okazuje się, że nie jest to świat, w którym nasz bohater wcześniej żył.