צוללן לשעבר בחיל הים האמריקאי נקרא למשימת הצלה מיוחדת, כאשר צוללת מחקר טובעת במעמקי האוקיינוס. במהלך משימת החילוץ, מגלים אנשי הצוות כי הם עומדים בפני מפלצת תת ימית שנחשבה לנכחדת – כריש פרהיסטורי ענק בשם מגלודון. ג'ונאס נאלץ להלחם במפלץ הקטלני בלב ים על מנת למנוע ממנו להגיע אל החוף.
באמצע האוקיינוס צפה מעבדת המחקר הימי הגדולה ביותר שנבנתה אי פעם. במתקן "אקווטיקה" חוקרת ד"ר סוזאן מק'אליסטר את המוח האנושי. היא מגיעה לפריצת דרך כשהיא מצליחה למצוא תרופה למחלה סופנית. מק'אליסטר לא מגיעה להישגיה על ידי ניסויים בחבורת כרישי מקאו מסוכנים.
On a volcanic island near the Kingdom of Hetvia rules Count Dakkar, a benevolent leader and scientist who has eliminated class distinction among the island's inhabitants. Dakkar, his sister Sonia and her fiance, engineer Nicolai Roget have designed a submarine which Roget pilots on its initial voyage just before the island is overrun by Baron Falon, despotic ruler of Hetvia. Falon sets out after Roget in a second submarine and the two craft, diving to the ocean's floor, discover a strange land populated by dragons, giant squid and an eerie undiscovered humanoid race.