Século XXVI. Depois de uma guerra sem precedentes que abalou o progresso científico e quase extinguiu a raça humana, a lei do mais forte predomina sobre todas as outras. Alita é uma jovem ciborgue que um dia é encontrada em pedaços pelo Dr. Dyson Ido, um cientista que a leva para o seu laboratório e lhe dá um novo corpo. Com uma enorme capacidade para as artes marciais e uma força e agilidade fora do comum, Alita usa o seu novo corpo de forma prodigiosa, transformando-se numa autêntica máquina letal. Mas, apesar de acarinhada por todos, ela debate-se com um conflito interior que a impele a descobrir a toda a verdade sobre a sua origem.

O reino que flutua no céu, que usa rabiscos grátis como fonte de energia, “Reino Rakuga”. No entanto, agora em face da falta de energia, eles estão à beira da ruína. A fim de forçar a criação de rabiscos, o exército do reino começa a atacar Kasukabe na superfície! Enquanto isso, conforme os desenhos começam a se mover, o herói que recebe o tesouro escondido do reino, o “Miracle Crayon” - não é outro senão o “super despreocupado menino de 5 anos”, Nohara Shinnosuke !! Juntos como os “Quase Quatro Heróis”, Shinnosuke e os rabiscos desenhados tentam levar Kasukabe de volta! Entre eles, descobrem a fraqueza dos rabiscos, onde se dissolvem ao contacto com a água! Para piorar as coisas, uma nuvem de chuva que parece começar a derramar a qualquer momento paira acima… O que os aguarda o encontro com os rabiscos e o fim de sua aventura - serão sorrisos ou lágrimas!?

Ming governa com punho de ferro o planeta Mongo, a ponto de se auto-intitular de imperador do Universo. Agora, quando planeia destruir a Terra, terá a oposição de Flash Gordon, um jogador de futebol americano que, com a bela Dale Arden, é arrastado para o planeta Mongo pela mão do Dr. Zarkov, que sabe da ameaça e planeia usar Flash para evitar a invasão.