Nach einer zehnjährigen Odyssee gelingt es der Elfenmagierin Frieren zusammen mit Himmels Heldengruppe, den Dämonenkönig zu stürzen und dem Land Frieden zu schenken. Als Elfe mit langer Lebensdauer, streift sie weiter durch die Lande, doch als sie nach 50 Jahren ihren ehemaligen Kameraden einen Besuch abstattet, sind ihre Gesichter von tiefen Furchen gezeichnet. Kurz später wird Frieren Zeugin von Himmels Ableben, was für sie Schmerz und tiefes Bedauern mit sich bringt – Bedauern darüber, nicht genug Zeit mit ihnen verbracht zu haben. Mit dieser Reue im Herzen begibt sie sich auf eine Reise, um verschiedenste Menschen kennenzulernen und mit ihnen neue Abenteuer zu teilen.

Ein einsamer Junge, der durch die arktischen Regionen Nordamerikas wandert, trifft eines Tages einen Wolf. Die beiden werden schnell Freunde und helfen einander, in der Wildnis zu überleben. Doch der Junge hat eine düstere Vergangenheit und auch der Wolf ist mehr, als es zunächst den Anschein hat.

Als die wohlhabende Erbin Catarina sich eines Tages den Kopf stößt, fluten Erinnerungen aus einem früheren Leben ihr Bewusstsein. Ihr wird klar, dass sie in ihrem liebsten Otome Game wiedergeboren wurde – und zwar in der Rolle des Bösewichts! Die verschiedenen Enden des Spiels halten für Catarina im besten Fall das Exil und im schlimmsten den Tod bereit! Also muss sie nun ihr Bestes versuchen, die tödlichen Event-Flaggen zu vermeiden und irgendwie die Route ihres eigenen Happy Ends freizuschalten.

Alles begann mit einer seltsamen Erscheinung - einer grellen Lichtsäule mitten in der Nacht. Seitdem verschwinden Leute und es geschehen unerklärliche Selbstmorde und Morde. An allem scheint die Todesgöttin Boogiepop beteiligt zu sein und Nagi macht es zu ihrer Aufgabe, Boogiepop zu stellen und das Geheimnis um ihr Erscheinen in der Stadt zu ergründen.

Boogiepop Phantom ist eine Reihe lose zusammenhängender Einzelgeschichten, in deren Verlauf der Zuschauer nach und nach, aber nicht unbedingt in der richtigen Reihenfolge, in das Geheimnis um Boogiepop eingeweiht wird. Die entscheidenden Hinweise zu finden und zu enträtseln stellt den Zuschauer vor eine spannende aber nicht gerade leichte Aufgabe, die diese Serie zu einer fesselnden und nervenaufreibenden Mystery-Serie macht.