Numa Terra pós-apocalíptica, Sam, uma adolescente, é uma das últimas pessoas no planeta, que está a ser evacuado. Com o último transporte programado para deixar o planeta, ela precisa decidir entre se juntar ao restante da humanidade ou permanecer na Terra.

Shelter conta a história de Rin, uma garota de 17 anos que vive sua vida dentro de uma simulação futurística completamente sozinha em uma bela e infinita solidão. A cada dia, Rin desperta na realidade virtual e usa um tablet que controla a simulação para criar um mundo novo, diferente e bonito para ela. Até que um dia, tudo muda, e Rin vem aprender as verdadeiras origens de sua vida dentro de uma simulação.