Los criptozoólogos de la agencia Monarch se enfrentan a un grupo de enormes monstruos: Godzilla, Mothra, Rodan y el enemigo de la humanidad, King Ghidorah. Estas antiguas criaturas harán todo lo posible por sobrevivir, poniendo en riesgo la existencia del ser humano en el planeta.
Una misteriosa isla ha sido colonizada por una extraña organización terrorista de tintes comunistas llamada Red Bamboo, que ha esclavizado a la población indígena y que se dedica a la fabricación de bombas atómicas. En esta isla vive la langosta gigante Ebirah, que se encarga de devorar a todos aquellos que intentan escapar del lugar, hasta que un rayo despierta a Godzilla, dormido casualmente en el interior de una gruta de la isla.
En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus. Sin embargo los Kilaaks, una raza extraterrestre, pretende esclavizar la Tierra y boicotea los sistemas de comunicación de la isla y controla mentalmente a los monstruos, que se lanzan a una frenética carrera de destrucción por todo el mundo.
Periodistas Ichiro Sakai y Junko reportan en la secuelas de un tifón cuando un huevo gigantesco es encontrado y comprado por empresarios codiciosos. Las hadas de Mothra llegan para súplica por su regreso con la ayudada de los periodistas. Con sus solicitudes negados, Godzilla apparece en Nagoya, y la gente de la Isla Mothra debe decidir si están dispuestos a ayudar a Japón.
Un par de gemelas de aspecto diminuto, habitantes de la isla de Beru, custodian celosamente a su deidad «Mothra». Desgraciadamente, son raptadas y trasladadas a Tokio por un expedicionario sin escrúpulos para ser explotadas artísticamente. Las gemelas utilizarán sus poderes místicos para revivir al gusano gigante a través de la telepatía. Éste a su vez se dirigirá a Tokio, con el firme propósito de recuperar a sus guardianas, ya convertido en polilla gigante y arrasándolo todo a su paso.
Mothra viaja al pasado, en un último intento, por derrotar al poderoso monstruo que amenaza con destruir Japón.
Diminutos hermanos gemelos usan una mariposa negra para enfrentar a su malvada hermana y una bestia.
Una mariposa gigante protege la Tierra de una criatura que amenaza el medio ambiente.
A young pilot narrowly escapes the destruction of her home in a stolen ship, only to be followed by the colossal cockroach responsible.