Історія розказує про героїчні зусилля криптозоологічного агентства «Монарх», яке намагається стримати гігантських монстрів. Цього разу проти могутнього Ѓодзілли виступають Мотра, Родан та ультимативний кайдзю — триголовий монстр Кінг Гідора. Коли ці древні суперхижаки, які з плином часу перетворились на напівзабуті міфи, повстають знову, щоб зійтись у протистоянні, людству тільки й лишається, що відійти в сторону та намагатись не загинути.
У пошуках свого брата, Ріота, разом з двома іншими підлітками, потрапляє на човен, що належить злочинцю. Група зазнає корабельної аварії на острові Летчі і виявляє, що тубільці острова Інфант були поневолені терористичною організацією, яка контролює ракоподібного монстра. Знайшовши сплячого Ґодзіллу, вони вирішують розбудити його, щоб перемогти терористів і звільнити тубільців.
В кінці минулого століття, всі монстри Землі були зібрані та безпечно поселені в Монстерленді. Хаос починається, коли раса інопланетян, відома як Кілааки, випускає на волю монстрів по всьому світу.
На пляжі, постраждалому від тайфуну, виявляють велетенське яйце величезного метелика Мотри, божества острова Інфант. Незважаючи на протести ученого Міури та застереження двох фей-ліліпутів, бізнесмен Кумаяма і його начальник Торахата збираються зробити з яйця приманку для туристів. Феї знаходять підтримку в особі професора Міури та його друзів — репортерів Ітіро Сакаї і Дзюнко Наканісі. Вони з усіх сил намагаються повернути яйце назад на острів Інфант, але їм це не вдається. Між тим яйце становить велику загрозу, оскільки гусіні Мотри можуть стати причиною непоправних катастроф.
Після корабельної аварії пасажири лайнера опиняються на острові Бейру, де колись проводилися випробування ядерної зброї. Флора і фауна острова мутували. Рятувальники, які знаходять жертв, здивовані, що в тих, хто вижив, не спостерігається ніяких ознак впливу радіації. У ході дослідження острова учені знаходять безліч дивних речей, а також двох крихітних фей, яких лідер експедиції Кларк Нельсон вирішує викрасти й забрати з острова на материк попри те, що вони попереджають його про свій телепатичний зв'язок з велетенським метеликом Мотрою, який негайно вилітає на допомогу своїм феям.
To save the world, Mothra goes back in time in an attempt to defeat a younger King Ghidorah.
A new Mothra takes to the air and battles against Desghidorah to save all of humanity.
The fairies from Infant Island discover a lost city, as well as a giant monster that is attracted to environmental calamities.
A young pilot narrowly escapes the destruction of her home in a stolen ship, only to be followed by the colossal cockroach responsible.