En 1945, à New York, les Corleone sont une des cinq familles de la mafia. Don Vito Corleone, "parrain" de cette famille, marie sa fille à un bookmaker. Sollozzo, " parrain " de la famille Tattaglia, propose à Don Vito une association dans le trafic de drogue, mais celui-ci refuse. Sonny, un de ses fils, y est quant à lui favorable.Afin de traiter avec Sonny, Sollozzo tente de faire tuer Don Vito, mais celui-ci en réchappe. Michael, le frère cadet de Sonny, recherche alors les commanditaires de l'attentat et tue Sollozzo et le chef de la police, en représailles.Michael part alors en Sicile, où il épouse Apollonia, mais celle-ci est assassinée à sa place. De retour à New York, Michael épouse Kay Adams et se prépare à devenir le successeur de son père...

Palerme, Sicile, 1980. Tommaso Buscetta, membre de la mafia, décide de s'installer au Brésil avec sa famille pour fuir la guerre constante entre les différents clans de l'organisation criminelle. Mais lorsque, après avoir vécu plusieurs malheurs, il est contraint de rentrer en Italie, il prend une décision audacieuse qui changera sa vie et le destin de Cosa Nostra à jamais.

L'histoire vraie de deux légendes, Giovanni Falcone et Paolo Borsellino, des procureurs courageux qui risquèrent leurs carrières et leurs vies pour dénoncer la Mafia italienne.