마징가Z가 악의 과학자 닥터 헬(Dr. Hell)과 그가 이끄는 지하제국의 세계정복의 야망으로부터 지구를 구한 뒤 10년이 지난 뒤, 코지는 자신의 할아버지(카부토 쥬조), 아버지(카부토 켄조)의 뒤를 이어 과학자의 길을 걷고 있다. 이런 가운데 코지는 후지산 인근 지하에서 정체불명의 초거대 유적 '인피니티'와 그로부터 나온 수수께끼의 생명체 '리사'와 조우하고 이와 때를 같이해 닥터 헬과 그가 이끄는 기계수(機械獸)들이 다시 모습을 드러낸다. 코지는 마징가Z와 함께 또 다시 지구를 구하기 위한 싸움에 나선다.
시리즈에 이어지는 이야기로 제작된 독립된 작품. 새롭게 등장한 적 암흑대 장군과 싸우는 마징카이저의 활약을 그리고 있다. 전편을 흐르는 긴장감 넘치는 그림체와 연출, 그리고 강렬한 음악이 이 작품을 뛰어난 로봇 애니메이션으로 만들었다.
악마의 초능력을 가지고 있는 데몬족. 헬 박사는 지구정복의 방해가 되는 마징가Z를 쓰러트리기 위해, 텔레파시 조작광선을 사용하는 데몬족, 잔닌과 손을 잡는다. 한편 마징가Z의 조종사 카부토 코우지는 데빌맨(후도 아키라)과 처음 만나 다투게 되지만, 이윽고 함께 싸울 것을 약속한다. 그런 가운데 데빌맨이 기계수, 요수 연합군에게 사로잡히는 일이 발생. 공중공격에 취약한 마징가는 새로이 개발된 ‘제트스크랜더’를 장비하고 구출작전에 나선다.
고대 미케네인의 후예, 미케네 제국. 그곳에 사는 미케네인들은 오랜 지하생활 가운데 터득한 기술로 신체를 거대한 전투수로 개조하고, 암흑대장군의 지휘아래 7대군단을 결집, 세계의 주요도시를 습격한다. 그것을 막기 위해 죽을 각오로 마징가Z를 출격시키는 카부토 코우지. 하지만 헬 박사의 기계수를 월등히 능가하는 무서운 힘을 가진 전투수들. 처음으로 패배를 맞이하는 마징가Z 앞에 새로운 영웅이 나타난다. 스스로를 마징가Z의 형제라고 부르는 그레이트 마징가. 카부토 코우지의 아버지 카부토 켄조가 개발하고 그가 훈련시킨 츠루기 테츠야가 조종하는 그레이트 마징가는 마징가Z를 압도하며 전투수들을 물리친다.
오랜 옛날 이미 전멸했다고 여겨지던 바닷속 괴수 드라고노사우러스가 도쿄를 습격한다. 정부는 갑작스런 사태를 대비해 강력한 로봇 군단을 결성하기로 결정. 그렌다이저, 겟타로보G, 그레이트 마징가, 그리고 카부토 코우지가 조종하는 더블스페이서, 다이아나 A, 보스보롯트, 비너스 A 등을 규합한다. 각자의 필살 무기로 대괴수에 맞서는 그들. 하지만 끝없이 재생하는 불사신 드라고노사우러스의 힘 앞에 로봇들은 고전을 면치 못한다. 결국 보스보롯트가 드라고노사우러스의 뱃속으로 삼켜지고 마는데….
베가 연합군의 지구공격 사령관 블랙키와 간달의 활동을 못마땅해 한 베가 대왕은 친위대장 바렌도스를 지구에 내려 보낸다. 그의 목적은 그렌다이저를 꺾는 것. 바렌도스는 앞뒤 가리지 않고 출격한 카부토 코우지를 사로잡아 그레이트 마징가의 숨겨진 위치를 찾으려 한다. 한편 코우지가 유괴된 사실을 안 듀크 프리드는 그렌다이저를 출동시킨다. 하지만 그에 맞서는 상대는 다름 아닌 그레이트 마징가. 바렌도스가 조종하는 그레이트 마징가와 원반수의 협공으로 그렌다이저는 궁지에 몰리는데….
영화 는 애니메이션 의 지하격납고 겸 풀장을 "현재 기술과 재료로 건설하려고 한다면 과연 어떻게 될까?"라는 발상에서 시작해 애니메이션 업계로부터 발주를 받은 판타지 영업부의 멤버들이 이 터무니없는 프로젝트의 실현을 목표로 나아간다는 내용의 이야기가 그려진다。실제로 실존하는 조직, 마에다 건설 판타지 영업부의 사원들과 그들을 지지하는 기술자들이 시행착오와 칠전팔기를 반복하며 지금 하고 있는 일에 의미가 있을까―？라고 묻는 것조차 잊을 만큼 필사적으로 몰두한 프로젝트였다。이 이야기에는 모든 일하는 사람들의 꿈과 긍지가 담겨져 있다！
거대 우주선에서 출격한 기계수들이 사오토메 연구소와 과학요새연구소를 습격한다. 과학요새연구소는 파괴되고, 무사시는 공중괴수 그랑겐에 의해 불귀의 객이 되고 만다. 게다가 그레이트 마징가의 테츠야도 광선괴수 피그트론의 공격을 받고 중상을 입는다. 사오토메 연구소는 무사시를 대신해 벤케이를 영입하고 새로이 겟타로보G를 출격시킨다. 그레이트 마징가도 신무기 ‘그레이트 부스터’를 장비하고 적의 사령탑인 우주선으로 향한다.
아득한 우주 저편에서 지구를 노리고 쳐들어온 공포의 대괴수 기르기르간. 그리고 거기에 맞서는 과학요새연구소와 사오토메 연구소. 하지만 서로에 대한 경쟁심으로 독자적인 행동을 취하는 겟타로보와 그레이트 마징가는 기르기르간의 마수에 속절없이 당하고 만다. 그러나 위기에 처한 지구를 구할 수 있는 것은 양대 슈퍼로봇 밖에 없다. 다시금 협력 체제를 정비한 그레이트 마징가와 겟타로보의 합동작전이 시작된다.
고전 일본 애니메이션인 마징가Z 시리즈의 처음 몇 에피소드의 편집된 버전