Bart Aoi est un garçon au sang chaud. Bagarreur, il n'hésite pas à se placer au cœur des combats et manie une Bleyblade qu'il appelle « Valkyrie ». Son ami quant à lui, Shuu Kurenai, est un petit génie qui manie « Spriggan ».

Alors que Pie XIII est toujours dans le coma, un premier conclave tumultueux est organisé afin d'élire un nouveau pape. Sir John Brannox, un aristocrate britannique modéré et sophistiqué, est propulsé nouveau souverain-pontife presque malgré lui, grâce aux manœuvres du secrétaire d'État du Vatican, Angelo Voeillo. Sous le règne de Jean-Paul III, l'Église va se retrouver notamment aux prises avec une grève des nonnes dans la chapelle Sixtine.

Dans un futur lointain, le monde est déchiré en deux blocs : l'Est et l'Ouest. Ces deux blocs connaissent une paix bien précaire et l'ombre de la guerre plane de plus en plus sur le monde.

C'est dans ce contexte tendu que nous apparaît Mylenne Hauffman, l'agent secret du bloc Ouest désignée par le matricule 009-1. Avec 009-7, 009-3 et 009-4, elle doit récupérer en vie le docteur Soyuzu retenu captif dans le bloc Est. Celui-ci a découvert une nouvelle source d'énergie révolutionnaire, qui utilisée par des personnes mal intentionnées pourrait être à l'origine d'une arme plus dévastatrice que la bombe nucléaire.

Alors qu'un traité de désarmement nucléaire est sur le point d'être ratifié par les deux blocs, ces recherches mettent la paix en péril. La mission de 009-1 ne doit en aucun cas se solder par un échec.