Nach einer zehnjährigen Odyssee gelingt es der Elfenmagierin Frieren zusammen mit Himmels Heldengruppe, den Dämonenkönig zu stürzen und dem Land Frieden zu schenken. Als Elfe mit langer Lebensdauer, streift sie weiter durch die Lande, doch als sie nach 50 Jahren ihren ehemaligen Kameraden einen Besuch abstattet, sind ihre Gesichter von tiefen Furchen gezeichnet. Kurz später wird Frieren Zeugin von Himmels Ableben, was für sie Schmerz und tiefes Bedauern mit sich bringt – Bedauern darüber, nicht genug Zeit mit ihnen verbracht zu haben. Mit dieser Reue im Herzen begibt sie sich auf eine Reise, um verschiedenste Menschen kennenzulernen und mit ihnen neue Abenteuer zu teilen.

Kamijou ist ein Schüler in der futuristischen Bildungsstadt - einem Ort, an dem die Menschen dank dem wissenschaftlichen Fortschritt Superkräfte entwickelt haben. Obwohl er ein ziemlicher Schwächling ist, hat er dennoch ein großes Herz. Dies kommt der jungen Nonne Index sehr zugute, denn sie befindet sich auf der Flucht vor einer Gesellschaft an Zauberern, die an das Wissen in ihrem Kopf möchten: Einer Ansammlung von unglaublichen 103.000 Grimoires. Von nun muss Kamijo alles tun, um Index mit seiner eigenen Kraft zu beschützen ... dem Imagine Breaker, mit welchem er die Kräfte anderer negiert.

Im Königreich Xadia gibt es sechs verschiedene Arten von Magie: die Sonne, der Mond, die Sterne, der Himmel, die Erde und der Ozean. Doch als die Menschen eine siebte Form von Magie, der dunklen Magie, erschaffen, entsteht ein Ungleichgewicht in der Natur. Diese bösen Hexer jagen einzigartige magische Geschöpfe, um diese als Zutaten für ihre Magie zu schlachten. Diese Brutalität führt zu einem verheerenden Krieg zwischen Xadia und den menschlichen Königreichen.