La maga Frieren formaba parte del grupo del héroe Himmel, quienes derrotaron al Rey Demonio tras un viaje de 10 años y devolvieron la paz al reino. Frieren es una elfa de más de mil años de vida, así que al despedirse de Himmel y sus compañeros promete que regresará para verlos y parte de viaje sola. Al cabo de cincuenta años, Frieren cumple su promesa y acude a visitar a Himmel y al resto. Aunque ella no ha cambiado, Himmel y los demás han envejecido y están en el final de sus vidas. Cuando Himmel muere, Frieren se arrepiente de no haber pasado más tiempo a su lado conociéndolo, así que emprende un viaje para conocer mejor a sus antiguos compañeros, a las personas y descubrir más del mundo.
La historia se sitúa en Ciudad Academia, una ciudad tecnológicamente avanzada localizada al oeste de Tokio que se especializa en el desarrollo de poderes psíquicos, pero también se sitúa en un mundo donde la magia es real. Touma Kamijou es un estudiante de instituto que posee en su mano derecha un misterioso poder llamado Imagine Breaker, el cual puede negar cualquier fenómeno sobrenatural ya sea psíquico o mágico, lo que también anula su propia buena suerte. Un día encuentra a una chica llamada Index colgada de su balcón. Ella es una monja que posee en su mente el Index Librorum Prohibitorum, el cual es una colección de 103.000 libros mágicos. Cuando los caminos de la ciencia y la magia se cruzan, esta historia comienza.
Un descubrimiento extraordinario inspira a dos príncipes y a la elfo que iba a matarlos a unir fuerzas para traer la paz entre sus pueblos.