Há três gerações atrás, Yoshitaka Igasaki, conhecido como o Último Ninja, selou os Yokai de uma vez por todas. Depois da morte dele, os monstros reviveram e, lutar contra eles é a missão dos cinco descendentes de Igasaki. Apesar de jovens e imaturos, os cinco usarão a arte ninja, para combater os Yokai como, Shuriken Sentai Ninninger.
Magitopia é o Mundo Celestial cujos habitantes são anjos dotados de poderes mágicos. Infershia, por outro lado, representa o Inferno dos vermes dominantes das técnicas de magia negra. No passado, Magitopia e Infershia travaram uma incessante luta. E, como resultado de tal batalha, Infershia acabou sendo selada nos confins do Planeta Terra. Infelizmente, o mais poderoso dos Anjos Celestiais acabou entregando a sua vida durante a guerra sagrada. Assim, Miyuki – outra guerreira e esposa do anjo – recebeu a tarefa de cuidar dos seus cinco filhos sozinha, além de guardar as técnicas de magia. Afinal, sabia-se que, um dia, o selo que prende Infershia se enfraqueceria, e os mesmos voltariam a atacar nosso planeta.
Nos últimos 20 anos o professor Hongo investigou secretamente e descobriu que no Castelo Wolf (Wolfgang, no original), situado na Alemanha, reuniam-se grupos misteriosos de cientistas de diversas partes do mundo. Tais cientistas, considerados perversos, se concentram no Império da Ciência Maligna Desdark (originalmente Deathdark), liderado pelo chefe Taboo, que é um exército que semeia a destruição e a discórdia no universo através de sua Ciência Maligna.
Em 1970, o Dr. Hoshikawa estava pesquisando como transformar o planeta Sedon em um mundo verde e exuberante e testou sua pesquisa tentando cultivar flores. No dia em que a primeira flor desabrochou, o Zone Empire lançou um assalto ao planeta, ele e sua esposa foram separados de seus cinco filhos. Arthur G6 levou as cinco crianças de volta à Terra e as criou. 20 anos depois, os cinco agora são professores da mesma escola. O império da Zona agora se prepara para invadir a Terra como seu milésimo alvo e quando eles começam o ataque, três veículos aparecem e contra-atacam. Cinco guerreiros descem dos veículos e enfrentam Zone. Os irmãos Hoshikawa têm desenvolvido a tecnologia Fiveman e treinado bastante caso a Zona tente invadir a Terra. Agora, os cinco irmãos estão prontos para lutar contra os inimigos familiares como Fiveman. Depois de derrotar o Zone Empire, os Fiveman partiram da Terra para recuperar seus pais presos.
A group of children and adolescents with supernatural abilities pose as a family to hide their powers from a volatile military man who seeks to use them for nefarious deeds.