Dopo decenni di guerre e lotte intense, i popoli della Terra decisero di creare un unico governo mondiale, noto come la Federazione degli Stati terrestri (nel manga viene chiamata Alleanza per l’Unità della Sfera Terrestre) con l’incarico di mantenere la pace tramite l’imposizione della forza militare. Nel nome di ideali quali la pace e la giustizia, la Federazione assunse ben presto il controllo – una dopo l’altra – delle colonie spaziali orbitanti nei cinque punti di Lagrange.

La città di Kawakami è famosa per la sua forte dedizione ai suoi antenati samurai. Un sano spirito combattivo è sempre apprezzato ed è anche un fattore importante per il successo a scuola. Yamato, uno studente del secondo anno della Kawakami High School, è sempre con i suoi amici più cari (4 ragazzi e 3 ragazze). Si conoscono tutti da quando erano giovani e hanno fatto tante cose insieme. Sebbene abbiano molti altri amici, questo gruppo di sette è un gruppo unito e inseparabile. Hanno persino una base segreta dove si incontrano. Con il nuovo semestre accolgono due ragazze nel loro gruppo e poco dopo le cose iniziano a cambiare.

In un futuro alternativo, la scienza ha scoperto ed è riuscita ad utilizzare i Raggi Getter, una misteriosa forma di energia che sembra stimolare l'evoluzione. la Terra viene attaccata da una mostruosa razza di alieni mutaforma che rapidamente colonizzano la Luna. Dopo una violenta serie di scontri e complice l'utilizzo del super robot giapponese Getter Robot, alimentato a Raggi Getter, gli invasori vengono finalmente sconfitti. Ma alcuni strani avvenimenti iniziano ad accadere intorno al Professor Saotome, il maggiore esperto di Raggi Getter nonché costruttore del Getter Robot. Prima la sua unica figlia, pilota di una delle unità che compongono il Getter Robot, muore in un misterioso incidente di volo. Poi lo stesso Saotome viene apparentemente assassinato da Ryoma Nagare, capitano della squadra di pilotaggio del Getter Robot. Passano 8 anni e Saotome improvvisamente ricompare, accompagnato da un nuovo modello di Getter Robot, ma questa volta sembra diventato nemico dell'umanità ed impegnato in un suo personale e contorto progetto. Contemporaneamente ricompaiono anche gli invasori, che avevano tramato nell'ombra sino a quel momento. L'intera squadra Getter viene mobilitata, compreso Ryoma Nagare, che ha passato 3 anni in un carcere di massima sicurezza. Ma chi è il vero nemico, questa volta? Saotome o gli invasori? E qual è la vera natura dei Raggi Getter? E soprattutto, questo sarà davvero, come proclama Saotome, "L'ultimo giorno del mondo"?

Nel 2017, un gruppo di scienziati geniali ottiene un notevole passo avanti nella bioingegneria. Tuttavia, tutte le nuove tecnologie vengono messe in uso militare, iniziando una nuova corsa agli armamenti. Le avanguardie, come il risultato più significativo della moderna bioingegneria e l'arma più avanzata, sono ampiamente utilizzate nella gara. Sebbene le avanguardie siano eccezionalmente efficaci in combattimento, la loro aspettativa di vita è ridotta dalle nanomacchine che usano. Di solito, la maggior parte delle avanguardie si ritirerà dall'esercito dopo un certo numero di anni di servizio.