從人類開始進入A.C.（After Colony）紀年，在第一個宇宙殖民地 L1 完成後百年，地球統一政府對殖民地以武力實行高壓統治。在A.C.165宇宙殖民地居民對地球圈發起抗爭，而在其中的調停者是非暴力非武裝份子的希洛·唯，並在各殖民地和地上展開演說推廣其理想，但其在A.C.175遭到暗殺（其中一種說法為殺手是OZ前身的特務組織的成員），隨後殖民地陷入混亂並遭到特務部隊（OZ前身）鎮壓。之後在地球上提倡和平主義的山克王國和其王室匹斯克拉福特家族也遭消滅。A.C.195年反對地球統一政府強力支配的殖民地份子，對地球送入五架鋼彈，開始殲滅特務部隊OZ的「流星作戰」（Operation Meteor）。

Minatosoft的第二部作品。故事發生在關東南部的城市川神市。時間是從4月到11月，主人公直江大和與年少時結成的夥伴們一起就讀於同一所學校——川神學園。2009年春的新學期，由四男五女的夥伴一起演繹的學園鬧劇開始了。五位主要女主角都是擁有武士的血統並且習武的女子，分別對應了新渡戶稻造的作品《武士道》一書中「武士必須的五個要素——「誠」、「勇」、「仁」、「禮」、「義」」。雖然重點是女性角色，男性角色的劇情也會有占有相當的比重。

順帶一提，本作和Minatosoft於2007年發售的遊戲《妳是主人我是僕》具有共同的世界觀，時間則是兩年以後。

在宇宙生物侵略者（インベーダー）之戰中，隨著蓋特機器人的活躍而終結。

從那之後的3年…曾被打倒的侵略者再度出現在地球上。而且曾經身為蓋特機器人的開發者、卻被流龍馬（實際上是神隼人）殺害的早乙女博士也跟著復活了。他率領著蓋特G軍團，要來消滅全人類。為了抵抗，已解散的蓋特小隊隊員重新集結，而因為涉嫌殺害早乙女而入獄的龍馬也跟著他們一起前往早乙女研究所。

公元2030年，在一群天才科學家的帶領下，生物工程學取得了極大突破，但所有新技術都會很快轉化為軍用，導致新一代軍備競爭的開始。“尖兵”作為本時代生物工程學的最高成就、最尖端的武器，被廣泛運用其中。雖然尖兵有著常人所不能及的戰鬥力，但由於納米機器會透支生命，大部分尖兵在​​一定年限後，都會提前退役。女主角琉璃在長久執行任務之後，她的生命也被嚴重透支。最後只剩下380天生命的琉璃，接到了一個新的任務——去一個平民設施中解救人質。對於只會殺戮和戰鬥的她來說，這無疑是艱難的，但服從命令的她，依然執行了這個任務。在這次行動中，她意外發現劫持人質的老大，居然是曾經的尖兵。一直喊著讓政府交出“伊甸之子”的前尖兵周忠戎，讓同為尖兵的琉璃充滿了鄙視。為了解決這個尖兵中的敗類，兩個尖兵之間的戰鬥，就此展開……