La historia se inicia en el planeta Zi, un planeta habitado por grandes compañeros mecánicos conocidos como "zoids" que han sido modificados por los humanos para ser utilizados como armas de guerra .
En este planeta, dos naciones que antiguamente se encontraban enemistadas, la República de Helic y el Imperio de Guylos, se encuentran a comienzos de una nueva guerra, luego de ser descubierta una antigua tecnología que puede favorecer a ambos ejércitos.
En ese momento, un joven aventurero llamado Van Freiheit, que sueña con ser piloto de zoids, encuentra en unas antiguas ruinas un organoide a quien llama Zeek, el que luego reaviva a Shield Liger, un zoid de combate que Van conducirá para luchar. Más tarde, en las mismas ruinas encuentra a una niña, a quien llama Fine. Debido a que ella ha perdido su memoria, los tres parten de viaje en búsqueda de su pasado. Durante su camino conocen a dos importantes compañeros y amigos, Moonbay, una transportista de cargas e Irvine, un caza recompensas.
Mientras tanto, Proitzen, el general en jefe del ejército imperial, quiere comenzar una nueva guerra que acabe con la nación republicana. Primero intenta asesinar a Rudolph, el legítimo sucesor de la corona de Guylos, transformándose luego en el regente del imperio.
Van y sus compañeros se involucran en esta guerra y detienen la ambición de Proitzen. Luego ambas naciones hacen las paces.
Dos años más tarde, Van, quien ya se encuentra convertido en un destacado piloto zoid, y Fine pasan a formar parte de la Fuerza Guardián, un equipo encargado de mantener la paz, y que está conformado por miembros tanto por la nación republicana como la imperial. Dentro de este grupo conocen a un nuevo compañero, Thomas Schwarz, un experto en computadoras que lucha utilizando su Dibison.
La Fuerza Guardián se formó debido a que extraños atentados comienzan a ocurrir en ambas naciones. El principal sospechoso es un hombre llamado Hiltz, quien luego de varios ataques contra las naciones, logra apoderarse del Death Saurer y poner en peligro la humanidad, pero Van y sus aliados se encargan de detenerlo.
Young Ruuji Familon finds a Liger-type Zoid during a salvage mission. Initially, the village is attacked by Bio-Raptor Bio-Zoids, and later a Bio-Megaraptor. After the village generator is destroyed in combat, Ruuji takes the Murasame Liger Zoid and leaves the village alongside Ra-Kan and Rei Mii to find a generator mechanic or the village will be destroyed. Through his journey Ruuji learns he must fight against Digald.
Al igual que el resto del anime Zoids, Fuzors tiene lugar en el planeta Zi, sin embargo no parece haber ninguna conexión obvia con cualquiera de la serie anterior. A pesar de que no se indica explícitamente, en general se considera que Fuzors se lleva a cabo en su propia continuidad. La línea de modelos Fuzors lo coloca en la misma época que los tres tigres, tal vez lo que es parte de la historia de la batalla Zoids, aunque hay muchas discrepancias en la historia.
In the 21st century planet Earth was rendered inhospitable to life, and people mass-migrated to Planet Zi, the natural home of metallic life forms known as Zoids. Many years later, Zi faces its end. Its inhabitants partake the journey to migrate back to Earth. Attempting to regenerate the Earth to make it hospitable, the migrants come up with a "Zi-Forming" scheme. However, the plan fails and Earth is left in its state of turmoil. Overrun by Zoids and blanked by unstable weather phenomena, the migrants are faced with a difficult life. The Empire and Republic settlements attempt to uncover Zoids buried within the Earth to bolster their respective armies. The story picks up following second-generation Earth citizens: Leo Conrad and Buzz Cunningham, who have a chance encounter with a girl Sally Land as she flees the clutches of the Empire.
Esta serie ocurre años después de la segunda estación del planeta ZI (seria tiempo después de la serie de la fuerza guardián con bang y fine). Se trata de un muchacho llamado Bit cloud que era distribuidor de chatarra cuando el interrumpió accidentalmente una batalla del equipo blitz. le tomo una noche reconstruir el LIGER ZERO y se unió a este grupo ,el liger zero era un zoid ideal para estas batallas.
A quest for freedom and legendary treasure begins when a cheerful young adventurer follows his father's footsteps to become the greatest Zoids hunter.