光の巨人、ティガの復活によりメルバは倒され、ゴルザは撃退された。だが、ティガを妬む精神生命体や死んでいる怪獣、成層圏の恐るべき生態系に生きる生物の変異体など、不可解な存在が次々と人類を脅かし始めてきた。この世の均衡のなにかが、崩れ始めてきたのか。また、宇宙から、異次元からの侵略者も魔の手を伸ばし始め、21世紀の地球は、まさに危機の時を迎えようとしていた。そんな状況のなか、ティガの存在は、大きくなっていく。光の巨人は、その善性ゆえか、人々の希望の象徴と言っていい存在と化したのだ。しかし敵のありかたはいよいよ千差万別になっていく、ダイゴ、そしてGUTSが立ち向かう相手は、単なる悪、侵略者ばかりではなく、太古から地球を狙ってきた者、人類の進歩そのものを阻もうとする謎の宇宙の存在にまで広がってきた。宇宙の中での地球の位置とは、はたしてどのようなものなのだろうか。

世界的な怪獣災害の発生を受けて、世界各国は、地球の内外から攻めてくる怪獣や地球外生命体に対処するべく、1966年に地球防衛隊「GGF（Global Guardian Force）」を設立していた。

自然破壊や温暖化が急激に進む現在。ある夜、宇宙甲殻怪獣バザンガが出現。地球防衛隊の掃討作戦は難航し、ヒルマ ゲントが率いる特殊部隊が絶体絶命の危機に陥る。その時、眩い光とともに謎の巨人が降臨。何十年も前から宇宙飛行士たちの間で噂されていた未確認大型宇宙人、コードネーム「ウルトラマン」だ。

その後、司令部に呼び出されたゲントは突如、ある任務を言い渡される。それは、密かに組織されていた、特殊怪獣対応分遣隊「SKaRD(Special Kaiju Reaction Detachment)」の隊長就任。怪獣型の主力巨大メカ「アースガロン」を駆り怪獣災害に立ち向かう特殊部隊の指揮。それと同時に、バザンガの戦いで出現した「ウルトラマン」が排除すべき敵なのかを調べる任も命ぜられたゲントの脳裏に、遥か遠くの銀河…ブレーザーの眩い光の記憶が煌めく。

「俺が行く。」

ウルトラマンブレーザーの光に包まれたゲント隊長は今、組織されたばかりの「SKaRD」に配属された個性豊かな隊員たちとともに、確かな勇気と揺るがぬ正義を胸とポケットに忍ばせ、怪獣たちとの新たな戦いの日々へと身を投じる！