En un futuro lejano en el que los humanos han colonizado el Sistema Solar, el detective de la policía Josephus Miller recibe el encargo de encontrar a una joven desaparecida. Para ello contará con la ayuda del oficial de un carguero y su tripulación, pero pronto se dan cuenta que el caso está relacionado con una conspiración que amenaza la paz del Sistema y la supervivencia de la humanidad.

Sigue a la tripulación de la nave exploratoria no tan funcional de la flota interestelar de la Tierra, 400 años en el futuro.

Nos presenta una historia situada en un mundo distópico con civilizaciones viviendo bajo la tierra, obligadas a mantener en control el número de su población. Al desenterrar un poderoso mecha-robots, dos héroes emergen a la superficie.

All across the universe, the Jark Matter empire has conquered everything they see. Meanwhile, the insurgent force called "Rebellion" is established and gathers nine ultimate saviors from across the galaxy who are chosen by the Kyu Globes, magical spheres with the power of the constellations.

The year is 2199. The human race has been crushed in their war with the Gamilos, driven into underground cities by the invader's assault. Scientists estimate they have only a year left. The young officers Susumu Kodai and Daisuke Shima receive a mysterious capsule from a ship that made an emergency landing on Mars and return with it to Earth. It contains humanity's last hope: the planet Iscandar on the other side of the Magellan Galaxy has the technology to defeat the Gamilos and restore the planet. The space battleship Yamato is entrusted with this task, but they have only one year before humanity ends.

En el año 2199, la Tierra enfrenta su mayor crisis. Debido a los implacables bombardeos de la raza alienígena conocida como "Gamilas", el planeta ya no puede sostener a sus habitantes. En exactamente un año, la humanidad se extinguirá.En su desesperación, la gente de la Tierra establece la Fuerza de Defensa de la Tierra, su última defensa contra el imperio de Gamilas, hambriento de poder.

Una raza alienígena llamada Gauna ha destruido la Tierra. Dejando a la humanidad luchando por sobrevivir a bordo de la nave espacial Sidonia. Aunque ha pasado un siglo desde el último encuentro con los Gauna, el servicio militar es obligatorio. Para Nagate Tanikaze, cuyo abuelo lo escondió en secreto en las entrañas olvidadas de Sidonia, es un mundo nuevo y extraño cuando se ve obligado a salir a la superficie. Sin embargo, su reclutamiento llega justo a tiempo, ya que los Gauna han reaparecido de repente.

Banagher Links conoce a la misteriosa Audrey Burne y hereda dos cosas: el Unicorn Gundam y el legado de hacer lo que sea por lograr la independencia en el espacio.