二百年后的未来，人类殖民太阳系。由于重力的影响，太阳系的人类逐渐分成了地球人、火星人和以小行星带为主的谷神星人，彼此之间的关系由于资源的争夺而变得紧张。警探Josephus Miller连同船长Jim Holden与他的船员一起揭发了一个威胁秩序和平及人类生存的阴谋。

本剧设定在400年后的未来，聚焦中级探索性太空飞船奥维尔号的冒险历程。Ed好不容易当了舰长，却发现大副是自己前妻。故事由此展开，并发生了一系列有趣的故事。船员们包括人类和外星人，他们将一起面对外太空的神奇和危险。

这是一个被命运背叛的男人，战斗、继续战斗、不断战斗的热血故事。日复一日，地下村庄基哈村的少年西蒙始终拿着钻头挖掘，并习以为常。但是，西蒙的好友，被称为“大哥”的卡米那终日叫嚣着所谓地上的世界。“穿破天际，到地上的世界去看一看吧”卡米那每日这样想着。但一直未能成功。直到一天，巨大的机械怪物——“颜面”打破村子的天井，进入村子破坏。确认了地上世界的存在，卡米那热情高涨，与地上来的少女优子、小弟西蒙三人一起对抗颜面，并驾驶西蒙意外挖出的机械——“螺岩”冲出了天井，达到了地上的世界！地球表面展现在少年少女面前，但其实地表上有更多的“颜面”，不断战斗的冒险故事就此展开。西蒙的未来，以任何人都无法想象的方向展开。

时间是遥远的未来——宇宙哭泣了。形成宇宙的88个星座系，被宇宙幕府贾库玛达支配看似失去希望了。宇宙落入无情者手中，人们在流泪时，9人的究极的救世主现身并拯救宇宙！9位的战士们，各自是被蕴藏著星座力量的“球惑星”选中的超级之星。而这样的他们集合在同一个地方组成队伍时，成为宇宙救世主的全明星军团就此诞生。其名为宇宙战队球连者！为了解放宇宙而集结的球连者，飞往宇宙的大海洋。现在，传说即将开幕——

西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。

　　公元2199年，地球因遭到神秘行星加米拉斯的攻击而濒临灭亡的危机。游星炸弹所释放出的放射能污染了地球表面，人类不得已只能逃到地底苟且偷生，连最终希望的地球防卫军宇宙舰队，也在冥王星战役中惨遭全灭。

　　正当人类陷入绝望之际，远在14万8千光年外的伊斯坎达尔星却为地球带来了希望。配备了「波动引擎」的大和号正缓缓地启动，即将展开一场来回29万6千光年的浩瀚旅途……

　　冥王星越来越近了，为了解除游星炸弹对地球的威胁，大和号于是计划攻击冥王星基地，而加米拉斯冥王星基地司令则打算利用最新武器「反射卫星炮」加以还击。大和号进入了反射卫星炮的射程范围，却因为冥王星上还有其它生物，因此无法以波动炮展开反击。在反射卫星炮集中火力攻击之下，大和号的制动装置开始产生异常，最后沉入冥王星的海底深处…… 　　由于大和号在冥王星一役的英勇表现，终于解除了游星炸弹对地球长期以来的威胁，但也因此引起了加米拉斯帝国大总统德斯拉的注意。脱离了太阳系之后，大和号一路朝着伊斯坎达尔快速前进，却在途中遭遇德斯拉机雷防卫线的阻挠。面对如此庞大的雷区，冲田舰长决定利用机雷部署的间隔直接穿越雷区以节省时间，不料机雷群却悄悄地缩小间隔并团团围住大和号，令大和号陷入动弹不得的险境之中……

被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星本巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。

经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器「卫人」的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。

令谷风长道首次抱有异性意识的女性是——星白闲。

谷风长道首次的友人是无性别的科戸濑伊佐奈。

令谷风长道意识到挫折的少年是——岐神海苔夫。

在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？

在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……